হযরত ঈসা (আ)-এর শিক্ষার আরেকটি গুরুত্বপূর্ণ দিক হইল তাকওয়া অবলম্বন। তিনি যেমনিভাবে নিজে কাকুতি-মিনতি করিয়া আল্লাহ্র কাছে কান্নাকাটি করিতেন তেমনিভাবে তাঁহার স্ব-জাতির লোকজনকেও নির্দেশ দিতেন আল্লাহকে ভয় করিবার জন্য। সাথে সাথে ইসরাঈল জাতিকে আল্লাহ্র রাসূল হিসাবে তাঁহার অনুসরণের আদেশ করিতেন। আল-কুরআনে ঈসা (আ)-এর এই শিক্ষাটি অত্যন্ত স্পষ্টভাবেই আসিয়াছে। ইরশাদ হইয়াছে:
فَاتَّقُوا اللَّهَ وَأَطِيعُونِ.
"সুতরাং তোমরা আল্লাহকে ভয় কর এবং আমাকে অনুসরণ কর" (৩ঃ ৫০)।
সূরা যুখরুফ-এ আরো উল্লেখ আছে : "ঈসা যখন স্পষ্ট নিদর্শনসহ আসিল, সে বলিয়াছিল, আমি তো তোমাদিগের নিকট আসিয়াছি প্রজ্ঞাসহ এবং তোমরা যে বিষয়ে মতভেদ করিতেছ তাহা স্পষ্ট করিয়া দিবার জন্য। সুতরাং তোমরা আল্লাহকে ভয় কর এবং আমার অনুসরণ কর" (সূরা যুখরুফ: ৬৩)।
উল্লেখ্য যে, অধিকাংশ মুফাসসির-এর মতে হিকমত শব্দের অর্থ বাস্তবায়ন রীতি যাহাকে সুন্নাতও বলা হয়। তাই উপরিউক্ত আয়াতে ঈসা (আ)-এর হিকমত অর্থ তাঁহার সুন্নাত। তাই উক্ত আয়াতে কারীমায় আল্লাহভীতি তথা তাকওয়ার পাশাপাশি তাঁহার প্রেরিত নবীর সুন্নাত অনুসরণের জন্য আহবান জানাইয়াছিলেন। উল্লেখ্য যে, বার্নাবাসের বাইবেলে বারবার তাকওয়ার প্রসঙ্গটি আসিয়াছে (দ্র. বার্নাবাসের বাইবেল, অধ্যায় নং ৩৩, page ৩৯, অধ্যায় নং ১০৮, page ১৩০, অধ্যায় নং ১১১, page ১৩৩)।

হযরত ঈসা (আ)-এর মু'জিযাগুলি রূহানী জগতের সন্ধান দেয়। এইগুলির মাধ্যমে তিনি বস্তুবাদী ইয়াহুদীদেরকে আধ্যাত্মিকতার উৎকর্ষ সাধনের আহবান জানান। আল-কুরআনে উল্লেখ করা হইয়াছে যে, হযরত ঈসা (আ)-কে রূহানী শক্তিতে বলিয়ান করা হইয়াছিল। ইরশাদ হইয়াছে :
إِذْ قَالَ اللَّهُ يُعِيسَى ابْنَ مَرْيَمَ اذْكُرْ نِعْمَتِي عَلَيْكَ وَعَلَى وَالِدَتِكَ إِذْ أَيْدَتُكَ بِرُوحِ الْقُدُسِ.
"আল্লাহ বলিবেন, হে মারয়াম তনয় ঈসা! তোমার প্রতি ও তোমার জননীর প্রতি আমার অনুগ্রহ স্মরণ কর, পবিত্র আত্মা দ্বারা আমি তোমাকে শক্তিশালী করিয়াছিলাম" (৫ঃ ১১০)।
বার্নাবাসের বাইবেলে একাধিকবার ঈসা (আ) কর্তৃক তওবা ও অনুতাপের শিক্ষা এবং ইহার প্রতি তাকীদ দানেরও উল্লেখ রহিয়াছে (বার্নাবাসের বাইবেল, অধ্যায় নং ১০১, পৃষ্ঠা নং ১২০-১২, অধ্যায় নং ১০৭, page ১২৮, অধ্যায় নং ১৬৬, page ২০৬; মার্ক, ১: ১৫; লুক, ১৩: ৩)।