ইউনুস (আ)-এর পক্ষ হইতে মহান আল্লাহর দিকে আহবানকে তাঁহার সম্প্রদায় প্রত্যাখ্যান করিল। তিনি তাহাদের উপর রাগান্বিত হইলেন। তিনি তাহাদেরকে পরিত্যাগ করিয়া অন্যত্র হিজরত করিবার জন্য বাহির হইয়া পড়িলেন। পথিমধ্যে একটি সমুদ্রগামী জাহাজকে তিনি বাহন হিসাবে গ্রহণ করিলেন। তিনি জাহাজে আরোহণ করিলেন। নির্ধারিত পরিমাণের চাইতে বোঝাই বেশী হওয়ার কারণে জাহাজটি ডুবিয়া যাইবার উপক্রম হইল। প্রচণ্ড বেগে পানিতে জাহাজটি প্রকম্পিত হইয়া উথাল-পাথাল করিতে লাগিল। নিজেদের প্রাণ রক্ষার তাকীদে জাহাজের যাত্রিগণ লটারীর মাধ্যমে জাহাজটির মাত্রাতিরিক্ত বোঝাই হ্রাস করিবার সিদ্ধান্ত গ্রহণ করিল। লটারীর মাধ্যমে যাহার বা যাহাদের নাম নির্ধারিত হইবে তাহাকে বা তাহাদেরকে সমুদ্রবক্ষে নিক্ষেপ করা হইবে বলিয়া তাহারা একমত হইল। সিদ্ধান্ত অনুযায়ী তাহারা লটারী করিলে মহান আল্লাহ্ নবী ইউনুস (আ)-এর নাম নির্বাচিত হইল। তিনি সকলের মধ্যে সৎ পরিচিত হওয়ার কারণে তাহারা লটারীর এই ফলাফলকে অগ্রাহ্য করিয়া পুনরায় লটারীর ব্যবস্থা করিল। এবারও ইউনুস (আ)-এর নাম উঠিল। তখন তিনি তাঁহার শরীরের কাপড় খুলিয়া সমুদ্র বক্ষে লাফাইয়া পড়িবার প্রস্ততি গ্রহণ শুরু করিলেন। এইবারও তাহার সহযাত্রিগণ তাঁহাকে সমুদ্র গর্ভে নিক্ষিপ্ত হইতে দিল না। পুনরায় লটারীর ব্যবস্থা করিল। দুর্ভাগ্যবশত এইবারও ইউনুস (আ)-এর নাম উঠিল। মূলত মহান আল্লাহ রাব্বুল আলামীনের এক সুনিপুণ পরিকল্পনা বাস্তবায়িত হইবার উদ্দেশই প্রতিবারই লটারীতে তাঁহার নাম উঠিতে ছিল।
তিনি সাগর বক্ষে নিক্ষিপ্ত হইলেন। মহাবিজ্ঞানী মহান আল্লাহ তদানিন্তনকালে সবুজ সাগর নামে পরিচিত এক সাগর হইতে একটি বৃহদাকার মৎস প্রেরণ করেন। মাছটি তাঁহাকে মহান আল্লাহ্র নির্দেশে গিলিয়া ফেলিল। সে যেন ইউনুস (আ)-এর মাংস ভক্ষণ না করে এবং তাঁহার হাড়ও ভাঙ্গিয়া না ফেলে, মহান আল্লাহ তাহাকে সতর্ক করিয়া দিলেন। এই কথাও বলিয়া দিলেন যে, সে যেন ইউনুস (আ)-কে সংরক্ষণ করে, তাহাকে নিজের জীবিকা হিসাবে গ্রহণ না করে। মাছটি তাঁহাকে পেটে ধারণ করিয়া সমগ্র সাগর ভ্রমণ করিতে লাগিল। মুফাস্সিরগণ বলেন, যখন তিনি মাছের পেটে অবস্থান করিতেছিলেন তখন তিনি মরিয়া গিয়াছেন বলিয়া নিজে ধারণা করিতে লাগিলেন। তিনি নিজের শরীর নাড়াইতে চেষ্টা করিলে শরীরের নড়াচড়া উপলব্ধি করিলেন। এমতাবস্থায় তিনি যে জীবিত রহিয়াছেন তাহা বুঝিতে পারিলেন। মহান আল্লাহর কৃতজ্ঞতাস্বরূপ তিনি তখন সিজদায় অবনত হইয়া বলিতে লাগিলেন, "হে আমার প্রভু! আমি এমন একটি জায়গাকে আপনার উদ্দেশে সিজদার জায়গা হিসাবে গ্রহণ করিলাম, যেই স্থানকে অন্য কেহ কক্ষনো সিজদার জায়গা হিসাবে গ্রহণ করে নাই"। ইউনুস (আ) সাগর বক্ষে সুচিবিদ্ধ অন্ধকারাচ্ছন্ন মাছের পেটে ভ্রমণ করিতেছেন এমন সময় তিনি সাগরের জলরাশির তর্জন-গর্জনের শব্দের মধ্যেও মাছ ও পাথরপুঞ্জরাও যে মহান আল্লাহর গুণকীর্তন ও তাস্বীহ করিতেছে সেই শব্দ শুনিলেন। এতদশ্রবণে তিনিও মহান আল্লাহ' তাসবীহ পাঠ শুরু করিলেন। তাঁহার তাসবীহ ছিল:
لَا إِلَهَ إِلَّا أَنْتَ سُبْحَانَكَ إِنِّي كُنْتُ مِنَ الظَّالِمِينَ .
"আপনি ব্যতীত সত্যিকারের কোন ইলাহ নেই, আপনি পবিত্র আর আমি অপরাধীদের একজন (২১:৮৭)।" যেমন মহান আল্লাহ বলেন:
فَنَادَى فِي الظُّلُمَاتِ أَنْ لَا إِلَهَ إِلَّا أَنْتَ سُبْحَانَكَ إِنِّي كُنْتُ مِنَ الظَّالِمِينَ
"অতঃপর সে অন্ধকারের মধ্য হইতে এই বলিয়া ডাকিল যে, আপনি ব্যতীত কোন ইলাহ নাই। আপনি পূত-পবিত্র; আমি অবশ্যই যালিমদের অন্তর্ভুক্ত” (২১:৮৭)।
এই দু'আটি পরবর্তীতে 'দু'আ ইউনুস' নামে প্রসিদ্ধি লাভ করিয়াছে। তখন মহান আল্লাহ তাঁহার ডাকে সাড়া দিলেন। তিনি মাছটিকে ইউনুস (আ)-কে উদগীরণ করিতে নির্দেশ দান করিলেন। তিনি মুক্তিলাভ করিলেন। ইউনুস (আ)-এর এই ঘটনার অংশটুকুর বর্ণনা সূরা আস-সাফাতের ১৩৯ হইতে ১৪২, সূরা আল-আম্বিয়া-এর ৮৭ ও ৮৮ ও আল-কালামের ৪৮ হইতে ৫০ নম্বর আয়াতসমূহে সংক্ষিপ্তভাবে আসিয়াছে, যাহা ইতোপূর্বে উল্লেখ করা হইয়াছে। এখানে উল্লিখিত অন্ধকার বলিতে ইব্‌ন মাসউদ, ইব্‌ন আব্বাস, আমর ইবন মায়মূন, সাঈদ ইব্‌ন যুবায়র, মুহাম্মাদ ইবন কা'ব, হাসান, কাতাদা, আদ-দাহহাক (র) মাছের পেট ও সাগরের তলদেশের অন্ধকারকে বুঝাইয়াছেন। সালিম ইব্‌ন আবূ যায়িদ বলেন, যে মাছ ইউনুস (আ)-কে ভক্ষণ করিয়াছিল সেই মাছকে অন্য আর একটি মাছে ভক্ষণ করিয়াছিল। সুতরাং এখানে যে অন্ধকারের কথা বলা হইয়াছে তাহা হইতেছে দুই মাছের পেটের ও সাগরের সম্মিলিত অন্ধকার।
তাসবীহ পাঠের পর মহান আল্লাহ তাঁহাকে মুক্তি দান করিলেন। এ সম্পর্কে ইব্‌ন জারীর (র) তাঁহার তাফসীর গ্রন্থে এবং বাজজার তাঁহার মুসনাদ গ্রন্থে আবদুল্লাহ ইব্‌ন রাফি' হইতে বর্ণনা করিয়াছেন, তিনি বলেন, আবু হুরায়রা (রা) বলিয়াছেন: আমি রাসূলুল্লাহ (স)-কে বলিতে শুনিয়াছি, ফেরেশতারা ইউনুসের তাসবীহ শুনিতে পাইলেন। কোন জায়গা হইতে এই তাসবীহ-এর শব্দ আসিতেছে তাহা তাহারা বুঝিতে না পারিয়া মহান আল্লাহকে বলিলেন, "হে আমাদের রব! আমরা একটি অপরিচিত স্থান হইতে তাসবীহ-এর শব্দ শুনিতে পাইতেছি"। মহান আল্লাহ বলিলেন, "এই তাসবীহ পাঠকারী হইতেছে আমার বান্দা ইউনুস। সে গুনাহ করিয়াছিল বলিয়া আমি তাহাকে মাছের পেটে বন্দী করিয়াছি"। তাহারা আশ্চর্য হইয়া জিজ্ঞাসা করিলেন, "তিনি কি ঐ ইউনুস, যিনি প্রত্যহ আপনার উদ্দেশেই অসংখ্য সৎকাজ সম্পাদন করিতেন"? মহান আল্লাহ বলিলেন, হাঁ। অতঃপর ফেরেশতারা তাঁহার মুক্তির জন্য সুপারিশ করিলেন। মহান আল্লাহ সুপারিশ গ্রহণ করিলেন। তখন মাছটি তাঁহাকে একটি বৃক্ষহীন সমুদ্র সৈকতে রোগাক্রান্ত পালকহীন পক্ষী ছানার মত রোগগ্রস্ত অবস্থায় নিক্ষেপ করিল। কাতাদা (র)-এর মতে তিনি তিন দিন মাছের পেটে অবস্থান করিয়াছিলেন। জাফর আস-সাদিক বলেন, তিনি সেখানে সাত দিন, আর সাঈদ ইব্‌ন আবিল হাসান ও আবু মালিক (র) বলেন, তিনি ৪০ দিন অবস্থান করিয়াছিলেন।
অন্য একটি হাদীছে বর্ণিত হইয়াছে: ইহার পর মহান আল্লাহ তাঁহাকে ছায়াদানের জন্য সেখানে একটি লাউয়ের গাছ উদগত করিলেন। এই লাউ গাছ সম্পর্কে জাহিলী যুগের আরব কবি উমায়‍্যা ইবনুস সান্ত কত সুন্দরই না বলিয়াছেন!
"আল্লাহ তা'আলার অনুগ্রহের দ্বারা খুলিল নিরবধি নচেৎ তিনি শেষ হইতেন লাউ গাছ না হইত যদি।"
ইহার পর আল্লাহ তাঁহাকে দুগ্ধ পান করাইবার জন্য একটি পাহাড়ী বন্য দুম্বার ব্যবস্থা করিলেন। ছা'লাবী (র) বলেন, এইটি ছিল একটি শিংবিহীন হরিণী। কিসা'ঈ (র) বলেন, এইটি ছিল একটি শিংধারিণী হরিণী। আর ইবনুল আছীরের মতে এইটি ছিল একটি ছাগল। যাহাই হউক এই পশুটি সকাল-সন্ধ্যায় ইউনুস (আ)-কে দুগ্ধ পান করাইত। ঘটনার এই অংশের সংক্ষিপ্ত বর্ণনায় মহান আল্লাহ বলেন:
وَأَنْ يُونُسَ لَمِنَ الْمُرْسَلِينَ . إِذْ أَبَقَ إِلَى الْفُلْكِ الْمَسْحُوْنِ . فَسَاهَمَ فَكَانَ مِنَ الْمُدْحَضِينَ . فَالْتَقَمَهُ الحُوتُ وَهُوَ مُلِيمٌ ، فَلَوْلا أَنَّهُ كَانَ مِنَ الْمُسَبِّحِينَ . لَلَبِثَ فِي بَطْنِه الى يَوْمِ يُبْعَثُونَ ، فَنَبَدْنَاهُ بِالْعَرَاءِ وَهُوَ سقيم، وانْبَتْنَا عَلَيْهِ شَجَرَةٌ مِّنْ يُقْطِينِ .
"আর ইউনুস অবশ্যই প্রেরিত পুরুষদের অন্যতম। যখন সে বোঝাই করা একটি নৌকার দিকে পালাইয়া যাইতে লাগিল ও পরে লটারীতে অংশগ্রহণ করিয়া দোষী সাব্যস্থ হইল। শেষ পর্যন্ত মাছ তাঁহাকে গিলিয়া ফেলিল। সে ছিল তিরস্কৃত। তখন যদি সে তাসবীহকারীদের অন্তর্ভুক্ত না হইত, তাহা হইলে তাহাকে কিয়ামত পর্যন্ত মাছের পেটে থাকিতে হইত। অবশেষে আমি তাহাকে বিজন ভূখণ্ডে নিক্ষেপ করিলাম। সে তখন রুগ্ন ছিল। আমি তাহার উপর লতাবিশিষ্ট গাছ উদগত করিলাম" (৩৭: ১৩৯-১৪৬)।

তিনি রোগগ্রস্ত অবস্থায় মাছের পেট হইতে নিক্ষিপ্ত হইলেন। তাঁহাকে ছায়াদানকারী লাউ গাছটি হঠাৎ মরিয়া গেল। তিনি কাঁদিতে লাগিলেন। মহান আল্লাহ বলিলেন, তুমি একটি গাছের বিয়োগ ব্যথায় কাঁদিতেছ, পক্ষান্তরে এক লক্ষ মানবের জন্য সামান্য দুঃখও পাইতেছ না? মহান আল্লাহ তাঁহাকে তাঁহার সম্প্রদায়ের নিকট ফিরিয়া যাইতে নির্দেশ দিলেন। তিনি তাহাদের উদ্দেশে রওয়ানা হইবার প্রাক্কালে এক রাখালের সাক্ষাত পাইলেন। রাখালের কাছে ইউনুস (আ) আত্মপরিচয় গোপন রাখিয়া নিজের সম্প্রদায়ের অবস্থা সম্পর্কে জানিতে চাহিলেন। রাখাল বলিল, হাঁ, তাঁহারা তাহাদের নিকট প্রেরিত নবী ইউনুস (আ)-এর প্রত্যাবর্তনের অপেক্ষায় রহিয়াছে। তখন তিনি নিজেই যে তাহাদের সেই প্রতিক্ষিত নবী ইউনুস, তাহার পরিচয় দান করিলেন। তাহার সহিত যে তাহাদের নবী ইউনুস (আ)-এর সাক্ষাৎ হইয়াছিল এই খবরটি তাহাদেরকে জানাইবার জন্যও ভিনি রাখালকে বলিয়া দিলেন। সে বলিল, আমি কোন সাক্ষ্য-প্রমাণ ব্যতীত এই ঘটনা তাহাদেরকে বলিতে ভয় পাইতেছি। তখন তাহারই চারিত ছাগলগুলি হইতে একটি ছাগল, সেখানকার চারণভূমি ও সেখানে অবস্থিত একটি গাছ, তিনিই যে নবী ইউনুস (আ) সেই মর্মে সাক্ষ্য দান করিল।
রাখাল তাহার সম্প্রদায়ের নিকট ফিরিয়া গেল। তাহার সহিত যে তাহাদের নবী ইউনুস (আ)-এর সাক্ষাত হইয়াছিল সেই সংবাদও তাহাদেরকে জানাইল। তাহারা তাহাদের আকাংখিত নবী ইউনুস (আ)-এর সাক্ষাত লাভের জন্য রাখালের সহিত রওয়ানা হইল। তাহারা পূর্বের সেই নির্ধারিত স্থানে আসিয়া পৌঁছাইল, যেখানে ইউনুস (আ)-এর সহিত ঐ রাখালের সাক্ষাত হইয়াছিল। ইউনুস (আ) সেখানে আত্মগোপন করিয়াছিলেন। ইউনুস (আ)-কে শনাক্ত করিয়া সাক্ষ্যদাতা সেই ছাগলটি, তিনি কোথায় লুকাইয়া রহিয়াছেন, সে সম্পর্কে অবহিত করিল। তাহারা সেখানে উপস্থিত হইল। তাহারা তাহাদের বহু প্রতিক্ষীত সেই নবীকে পাইয়া আনন্দে আত্মহারা হইল, তাঁহার হাত-পা চুম্বন করিল। খুশীতে উচ্ছ্বসিত হইয়া আড়ম্বর আনুষ্ঠানিকতার মধ্য দিয়া তাহাদের নবীকে লোকালয়ে ফিরাইয়া আনিল। তিনি দীর্ঘ দিন পর নিজের সম্প্রদায়ের নিকট ফিরিয়া আসিলেন। তিনি চল্লিশটি দিন তাঁহার নিজের পরিবার-পরিজন ও সন্তান-সন্তুতির মধ্যে অবস্থান করিলেন। ইহার পর জনসাধারণের নিকট উপস্থিত হইলেন। তাহাদের পুনরায় ইসলামের শাশ্বত সত্যের দিকে আহ্বান জানাইতে আরম্ভ করিলেন। তাহাদেরকে ইসলামের দীক্ষাদানে আত্মনিয়োগ করিলেন এবং মৃত্যু পর্যন্ত একাগ্র চিত্তে দীন প্রচারে নিমগ্ন রহিলেন।

তিনি কখন ইন্তিকাল করেন তাহার সঠিক কোন তথ্য কোন বর্ণনায় পাওয়া যায় না। যে সকল গবেষক ও মনিষী নবী (আ)-দের নামের তালিকা প্রণয়ন করিয়াছেন তাহাদের তালিকাতে নবীদের নামের ধারাবাহিকতা ভিন্ন ভিন্ন আকারে পরিলক্ষিত হয়। এইজন্য তিনি কোন্ নবীর পরে এবং কোন নবীর পূর্বে, তাহা নির্ধারণ করা বেশ দুরুহ। ইহার পরেও তিনি যে পূর্বোল্লিখিত নিনিওয়া শহরে প্রেরিত হইয়াছিলেন সেই শহর ধ্বংসের ঐতিহাসিক প্রমাণাদি ও বাইবেলের বর্ণনাকে সঠিক বলিয়া ধরিয়া লইলে ঈসা (আ)-এর আবির্ভাবের সাত শত হইতে আট শত বৎসর পূর্বেই তিনি ইন্তিকাল করেন তাহা প্রমাণিত হয়।
শাহ আবদুল কাদির (র)-এর মতে তিনি নিনিওয়াতেই ইন্তিকাল করেন এবং সেখানেই তাঁহাকে দাফন করা হইয়াছিল। আবদুল ওয়াহ্হাব নাজ্জার বলেন, ফিলিস্তীনের প্রসিদ্ধ শহর 'আল-খলীল'-এর নিকটে হুলহুল (Halhul) নামক জায়গায় পাশাপাশি দুইটি কবর বিদ্যমান রহিয়াছে। ইহার একটি হইতেছে ইউনুস (আ)-এর এবং অপরটি হইতেছে তাঁহার পিতা-মাতার কবর।
আমাদের মতে, তিনি যেহেতু নিনিওয়াতে দাওয়াতি কাজে নিয়োজিত ছিলেন সেহেতু তিনি সেখানেই ইনতিকাল করেন এবং এই শহর ধ্বংস হওয়ার সাথেই তাঁহার কবরের চিহ্নও বিলুপ্ত হইয়া গিয়াছে। তিনি ফিলিস্তীনের আল-খলীল এলাকায় অবস্থান করিবার অথবা সেখানে যাওয়ার কোন ঐতিহাসিক তথ্য বা প্রমণ আমাদের কাছে না থাকায় পূর্বোল্লিখিত কবর যে ইউনুস (আ)-এর কবর তাহার সঠিক কোন ভিত্তি নাই। সম্ভবত কে বা কাহারা স্বার্থসিদ্ধির জন্য এই অপরিচিত কবরকে তাঁহার কবর বলিয়া চালাইয়া দিয়াছে।

তিনি যে মৃত্যুর সময় সন্তান-সন্ততি রাখিয়া যান কোন কোন বর্ণনায় তাহার প্রমাণ পাওয়া যায়। তবে তাঁহার সন্তান-সন্ততির সংখ্যা ও নাম জানা যায় নাই।