কখনও সর্বনাম নির্দিষ্ট করার অসুবিধার জন্যে আয়াত দূর্বোধ্য হয়। কখনও একই শব্দ দুটি অর্থ প্রকাশ করায়ও অসুবিধা দেখা দেয়। যেমন:

১। আয়াত: وَإِنَّهُمْ لَيَصُدَّنَهُمْ عَنِ السَّبِيلِ وَيَحْسَبُونَ أَنَّهُمْ مُهْتَدُونَ 'এবং নিশ্চয়ই তারা তাদের সঠিক পথ থেকে বিরত রাখে, আর তারা ভাবে যে, তারাই সুপথপ্রাপ্ত। (সূরা যুখরুফ-৩৭)

এ আয়াতে তিন সর্বনাম ব্যবহৃত হয়েছে। তিনটিই অনির্দিষ্ট। তাই সরল পথ থেকে কারা ফিরায়, আর ভ্রান্ত পথে চলেও কারা নিজদের সঠিক ভাবছে, তা বুঝা যায় না। যদি সর্বনাম নির্দিষ্ট করে দেয়া হয়, তাহলে আয়াত এরূপ দাঁড়ায়:
إِنَّ الشَّيَاطِينَ لَيَصُدُّونَ النَّاسَ عَنِ السَّبِيلِ وَيَحْسَبُ النَّاسُ أَنَّهُمْ مُهْتَدُونَ 'নিশ্চয়ই শয়তানরা মানুষকে সুপথ থেকে ফিরায় এবং মানুষ ভাবে যে, তারা অবশ্যই সঠিক পথে চলেছে।'

এবং قَالَ قَرِينُهُ এ এক স্থানে অর্থ হচ্ছে শয়তান, অন্যখানে অর্থ হচ্ছে ফেরেস্তা।

২। আয়াত: يَسْأَلُونَكَ مَاذَا يُنْفِقُونَ قُلْ مَا أَنْفَقْتُمْ مِنْ خَيْرٍ 'তারা কাকে দান করবে তা তোমাকে প্রশ্ন করছে? বল, যা দান করবে তাই ভাল।' (সূরা বাকারা-২১৫)
১। আয়াত: يَسْأَلُونَكَ مَاذَا يُنْفِقُونَ قُلِ الْعَفْوَ 'তারা কি দান করবে তা তোমাকে প্রশ্ন করছে? বল, যা বেশী, তাই দান করবে।' (সূরা বাকারা ২১৯)

পয়লা আয়াতে জবাব এ জন্যে সঠিক হয়েছে যে, তারা দানের পাত্র খুজেছে। তাই বলা হল 'দান যেখানে যা-ই করুক উত্তম।' অথচ দ্বিতীয় আয়াতে জবাবের ধরনে বুঝা যায়, দানের পরিমাণ জানতে চেয়েছে। সুতরাং তাদের জন্যে এ জবাবেই সঠিক হল যে, 'উদ্বৃত্ত সম্পদ দান করবে।'

এভাবে কখনও "جعل" এবং "شى" এই জাতীয় বিভিন্ন শব্দের ভিন্ন ভিন্ন স্থানে আলাদা আলাদা অর্থ প্রকাশের ফলেও আয়াত দুর্বোধ্য হয়। যেমন:

(ক) جعل শব্দেকে خلق অর্থে ব্যবহার করা হয়। যেমন- جَعَلَ الظُّلُمَاتِ وَالنُّورَ আল্লাহ সৃষ্টি করেছেন, আঁধার ও আলো। (সূরা আনয়াম-১)
(খ) কখনও তা عتقد। অর্থাৎ আকীদা অর্থে ব্যবহৃত হয়। যেমন: وَجَعَلُوا لِلَّهِ مِمَّا ذَرَاءَ 'আল্লাহ্ সম্পর্কে তাদের আকীদা এই যে, তিনিও তাদের দেখা কোন বস্তুর মতই কিছু।' (সূরা আনয়াম-১৩৬)

'এভাবে شئ শব্দকে কখনও কর্তা, কখনও কর্ম ইত্যাদি রূপে ব্যবহার করা হয়। যেমন:

১। আয়াত: أَمْ خُلِقُوا مِنْ غَيْرِ شَيْي অর্থাৎ তারা কি কোন কিছু ছাড়া এমনিই সৃষ্টি হয়েছে? (সূরা তুর-৩৫)
এখানে شئ দ্বারা خالق অর্থাৎ স্রষ্টা অর্থ নেয়া হয়ছে।

২। আয়াত: فَلَا تَسْتَلْنِي عَنْ شَيْي 'এরূপ কোন ব্যাপারে তোমরা আমাকে প্রশ্ন করো না। (সূরা কাহাফ-৭০)
এখানে شَيْئٌ দ্বারা সাধ্যাতীত বস্তু বুঝানো হয়েছে।

কখনও 'খবর' (বিধেয়) বলে তার থেকে 'খবর' সংশ্লিষ্ট ঘটনা বুঝানো হয়। যেমন : نَبَاءُ عَظِيمٌ (বিরাট খবর) এখানে عَظِيمٌ বলতে সেই ভয়াবহ সংশ্লিষ্ট ঘটনা বুঝানো হয়েছে, যার জন্যে শব্দটি ব্যবহৃত হয়。

এভাবে خیر وشر বা তার সমার্থক শব্দ দ্বারা বিভিন্ন স্থানে ভিন্ন ভিন্ন অর্থ নেয়া হয়। তাই অন্যান্য গুলোর মত এখানেও কখন কোন্ অর্থ হবে তা নির্ণয় কঠিন হয়ে দাঁড়ায়।

আয়াত বিক্ষিপ্ত হলেও দুর্বোধ্যতা দেখা দেয়। কোন আয়াত এমন যে, সেটা মর্ম অনুসারে কোন কাহিনীর উপসংহার হিসাবে শেষে আসার কথা। অথচ আগেই এসে গেছে। তারপর নতুন করে আবার কাহিনী বর্ণনা চলেছে।

কখনও নাযিলের দিক থেকে অগ্রাধিকার পেয়েও কোন আয়াত পাঠের কালে পরে আসে। ফলে অর্থ ধরা মুশকিল হয়। যেমন: قَدْ نَرَى تَقَلُّبَ وَجْهِكَ
অবশ্যই আমি তোমার বারংবার তাকানো লক্ষ্য করেছি। (সূরা বাকারা-১৪৩)

এ অংশটি আগে নাযিল হয়েছে। سَيَقُولُ السُّفَهَاءُ শীঘ্রই মুর্খরা বলবে। (সূরা বাকারা-১৪২) পরে নাযিল হয়েছে। অথচ পাঠের সময়ে বিপরীত হয়ে আছে।

কখনও এমন দেখা যায় যে, কাফিরদের বক্তব্য বর্ণনার ফাঁকে ফাঁকে তার জবাবও দেয়া হচ্ছে। এভাবে প্রশ্নোত্তরে জগাখিচুড়ী করে আয়াত শেষ হয়েছে। এতেও দুর্বোধ্যতা সৃষ্টি হয়। যেমন: وَلَا تُؤْ مِنُوا إِلَّا لِمَنْ تَبِعَ دِينَكُمْ قُلْ إِنَّ الْهُدَى هُدَى اللَّهِ أَنْ يُؤْتَى أَحَدٌ مِثْلَ مَا أُوتِيَتُمُ
'তোমাদের ধর্মানুসারী ছাড়া অন্য কারুর ওপরে আস্থা রেখো না। বলে দাও, নিশ্চয়ই হিদায়ত কেবল আল্লাহ্রই হিদায়ত। যদি কাউকে তা দেয়া হয়, তা তোমাদের মতই দেয়া হবে।' (সূরা ইমরান-৭৩)

এ আয়াতে قُلْ إِنَّ الْهُدَى هُدًى اللَّهِ হচ্ছে কাফিরদের বক্তব্যের জবাব। এর আগের ও পরের বক্তব্যগুলো হচ্ছে কাফিরদের।