মক্কায় রাসূলুল্লাহ (সা.)-এর আমানতসমূহ মালিকদের বুঝিয়ে দেওয়ার পর হযরত আলী রাদিয়াল্লাহু আনহু একাকী মদীনার পথে যাত্রা করেন। তিনি অত্যন্ত সতর্কতার সাথে রাতের বেলা পথ চলতেন এবং দিনের বেলা লুকিয়ে থাকতেন। পায়ে হেঁটে দীর্ঘ পথ অতিক্রম করার ফলে তাঁর পা ফুলে গিয়েছিল এবং তা থেকে রক্ত ঝরছিল। অবশেষে তিনি কুবায় পৌঁছে নবী করীম (সা.)-এর সাথে মিলিত হন। নবীজি আলীকে রক্তাক্ত ও ক্লান্ত অবস্থায় দেখে অত্যন্ত ব্যথিত হন এবং তাঁর পায়ের ওপর নিজের লালা মুবারক লাগিয়ে দেন, ফলে অলৌকিকভাবে আলীর পায়ের ক্ষত ও ব্যথা তৎক্ষণাৎ সেরে যায়।

হিজরত কেবল মক্কা থেকে মদীনায় স্থান পরিবর্তন ছিল না, বরং এটি ছিল ইসলামের ইতিহাসে এক নতুন যুগের সূচনা। হিজরতের ফলেই মুসলমানদের জন্য একটি স্বাধীন ভূখণ্ড ও ইসলামী রাষ্ট্র প্রতিষ্ঠার পথ উন্মুক্ত হয়। পরবর্তীতে আমীরুল মুমিনীন হযরত উমর ফারুক (রা.)-এর খিলাফতকালে সাহাবায়ে কিরামের পরামর্শক্রমে এই হিজরতের ঐতিহাসিক গুরুত্বকে স্মরণীয় রাখতে হিজরী সনের প্রবর্তন করা হয়। হিজরতের বছরটিকেই ইসলামী বর্ষপঞ্জির প্রথম বছর হিসেবে নির্ধারণ করা হয়।

কুবায় কয়েকদিন অবস্থানের পর নবী করীম (সা.) মদীনা শহরের উদ্দেশ্যে যাত্রা করেন। মদীনার আনসার ও মুহাজিররা উল্লাসধ্বনি ও খুশিতে নবীজিকে স্বাগত জানান। মদীনার ছোট ছোট মেয়েরা গান গেয়ে আনন্দ প্রকাশ করতে থাকে। প্রতিটি গোত্রই চাইছিল নবীজি যেন তাদের মেহমান হন এবং তাদের উটের লাগাম ধরতে চাইছিল। নবীজি বললেন, 'উটটিকে ছেড়ে দাও, সে আল্লাহর পক্ষ থেকে আদিষ্ট'। অবশেষে নবীজির উটটি বনু নাজ্জার গোত্রের একটি খালি জায়গায় গিয়ে বসে পড়ে। সেখানে অবস্থিত বিশিষ্ট সাহাবী হযরত আবু আইয়ুব আনসারী (রা.)-এর ঘরে নবীজি মেহমান হিসেবে অবস্থান গ্রহণ করেন।

নবীজি যেখানে উট থেকে অবতরণ করেছিলেন, সেই জায়গাটি ছিল দুই এতিম বালকের। নবীজি ন্যায্য মূল্যের বিনিময়ে সেই জায়গাটি মসজিদের জন্য ক্রয় করেন। সেখানে একটি সুপরিসর মসজিদ নির্মাণের কাজ শুরু হয় যা আজ মসজিদে নববী নামে পরিচিত। সাহাবীদের সাথে সাথে নবী করীম (সা.) নিজেও কাঁচা ইট ও পাথর বহন করে নির্মাণের শ্রম দান করেন। মসজিদের দেয়াল মাটির ইটের এবং ছাদ খেজুরের ডাল ও পাতা দিয়ে তৈরি করা হয়। মসজিদের একপাশে নিঃস্ব ও গৃহহীন সাহাবীদের (আহলে সুফ্ফা) থাকার জন্য একটি বারান্দা তৈরি করা হয়। এই মসজিদটিই ছিল ইসলামী রাষ্ট্র ও সমাজ পরিচালনার মূল কেন্দ্রবিন্দু।