মিসরের সুলতান সারাকেশা শাসক কায়েতবায় ৮৮২ হিজরীতে (১৪৭৭ খৃঃ) খাজা শামসুদ্দিন মুহাম্মাদ বিন উমর শাহীর বাবন যামানকে নির্দেশ দিয়ে পাঠান, তিনি যেন সংগর জামালী বিল্ডিংকে মজবুত করে নির্মাণ, সুলতানের জন্য মসজিদে হারামে একটা স্থান উন্নত করে নির্মাণ, চার মাজহাবের আলেমদের ফেকাহ শাস্ত্র শিক্ষা দেয়ার উদ্দেশ্যে একটি মাদ্রাসা নির্মাণ, ফকীর-মিসকীনদের বাস করার জন্য একটি রাবাত বা বোর্ডিং নির্মাণ, গরীব ছাত্রদের মধ্যে আয় বণ্টনের জন্য লাভজনক মুসাফিরখানা তৈরি এবং মিসকীনদের জন্য একটি লাইব্রেরী প্রতিষ্ঠাসহ আরো কিছু প্রকল্প বাস্তবায়ন করেন।

খাজা শামসুদ্দিন সুলতানের নির্দেশমত উপরোক্ত প্রকল্পগুলো বাস্তবায়িত করেন। পরে সুলতান ছাত্রদের জন্য বহু কিতাবপত্র পাঠান এবং ৪ মাজহাবের ৪ জন শিক্ষক নিয়োগ করেন। ৮৭৪ হিজরীতে, সুলতান কায়েতবায় মিনার মসজিদে খায়ফ খুব মজবুত করে নির্মাণ করেন। তিনি মসজিদে হারামের খেদমতের জন্য যথেষ্ট অবদান রেখে গেছেন।

৯৭২ হিজরী মোতাবেক ১৫৬৪ খৃষ্টাব্দে, তুরস্কের উসমানী খলীফাদের মধ্যে প্রথম যিনি মসজিদে হারামের সংস্কার করেন তিনি হচ্ছেন সুলতান সোলায়মান। তিনি নতুন করে কা'বা শরীফের ছাদ তৈরি করেন এবং মাতাফের বিছানা পরিবর্তন করেন। তিনি মসজিদে হারামের কিছু দরজার সংস্কার করেন, বাবুল কা'বার উন্নয়ন ও মীযাবেরও সংস্কার করেন। তিনিই সর্বপ্রথম মার্বেলের তৈরি মিম্বার আনেন। ইতিপূর্বের মিম্বারগুলো কাঠের নির্মিত ছিল। তিনি হানাফী ইমামের নামাযের জায়গা নির্মাণ করেন এবং পূর্বে বাবুস সালাম ও পশ্চিমে দারুন নাদওয়া বরাবর উত্তর পার্শ্বে, ৪ গম্বুজ বিশিষ্ট ৪টি মাদ্রাসা প্রতিষ্ঠিত করেন। এ মাদ্রাসাগুলোর মাঝে তিনি সর্বোচ্চ মিনারা তৈরী করেন এবং কিছু মসজিদের পার্শ্বে কিছুসংখ্যক মুসাফিরখানা তৈরি করেন। ৪ মাদ্রাসায় ৪ মাজহাবের মক্কী আলেমরা শিক্ষা দান করতেন। মাদ্রাসার শিক্ষক ও ছাত্রদেরকে ভাতা দেয়া হত। সুলতান সোলায়মানের আমলে ঐ ৪টি মাদ্রাসার নির্মাণ কাজ সমাপ্ত করা সম্ভব হয়নি। তাঁর মৃত্যুর পর, তাঁর ছেলে সুলতান সেলিমের আমলে মাদ্রাসার কাজ সমাপ্ত হয়।

আব্বাসী খলীফা মাহদী কর্তৃক ১৬৯ হিজরীতে মসজিদে হারামের যে নির্মাণ ও সম্প্রসারণ হয় তা ৯৭৯ হিজরী পর্যন্ত সুদীর্ঘ ৮১০ বছর বহাল থাকে। তাঁর নির্মিত ভিত্তিতে কোন দুর্বলতা দেখা দেয়নি এবং গোটা মসজিদে হারাম ৮০২ হিজরীর অগ্নিকাণ্ড ব্যতিরেকে, বন্যার মোকাবিলা, তাপ থেকে মুসল্লীদেরকে রক্ষা, বৃষ্টি ও ঝড় তুফান থেকে তাদেরকে সুষ্ঠুভাবে হেফাজত করে যাচ্ছিল।

কিন্তু ৯৭৯ হিজরীতে, পূর্বদিকের ছায়াদার গম্বুজ কাবা শরীফের দিকে ঝুঁকে পড়ার উপক্রম হয় এবং মসজিদের দেয়ালের উপর ছাদের কাঠ বেরিয়ে পড়ে। বাবুল আব্বাস এবং বাবুন নবীর মাঝে অবস্থিত, মসজিদের পূর্বাংশে নির্মিত সুলতান কায়েতবায়ের মাদ্রাসা এবং মাদ্রাসায়ে আফদালিয়ার দেয়ালের বাইরে ছাদ বিছিন্ন হয়ে যায়। ফলে, ছায়াদার গম্বুজের মাথা মসজিদের দিকে ঝুঁকে পড়ে এবং তা সংস্কারের সকল চেষ্টা নিরর্থক হয়ে পড়ে।

৯৭৯ হিজরীতে, এই ঘটনা সুলতান সেলিম বিন সোলায়মানের কাছে পৌছানোর পর সুলতানকে বলা হয় যে, কায়েতবায়ের নির্মিত মাদ্রাসার দেয়ালের কারণেই এই সংকট সৃষ্টি হয়েছে। মাহদীর নির্মিত মজবুত দেয়াল অক্ষুণ্ণ আছে এবং এর কারণে সমস্যা সৃষ্টি হয়নি। ঐ ঘটনা না ঘটলে, আজ পর্যন্ত হয়তো, মসজিদে হারামে খলীফা মাহদীর নির্মিত ছাদ, দেয়াল ও অন্যান্য কার্যক্রম অক্ষুণ্ণ থাকত।

যাই হোক, সুলতান সেলিম ঐ খবর পেয়ে পুরো মসজিদে হারাম অত্যন্ত মজবুতি ও দক্ষতার সাথে নির্মাণের আদেশ দেন এবং কাঠের নির্মিত ছাদের পরিবর্তে গোলাকার গম্বুজ তৈরি করেন। এই গম্বুজ তাপ থেকে বাঁচানোর ক্ষেত্রে পূর্বের ব্যবস্থার চেয়ে উত্তম। সুলতান সেলিম মিসরের গভর্নর সানান পাশার কাছে মসজিদে হারাম নির্মাণের জন্য অত্যন্ত ধার্মিক, আমানতদার, যোগ্যতা ও অভিজ্ঞতা সম্পন্ন একজন লোক নির্বাচনের নির্দেশ দেন। নির্দেশ মোতাবেক, মিসরের সাবেক গভর্নর আহমদ বেগকে ঐ কাজের জন্য নির্বাচিত করা হয়। তাঁকে মসজিদে হারাম নির্মাণের দায়িত্ব অর্পনের সাথে সাথে জেদ্দার গভর্নর বানিয়ে পাঠানো হয়। তিনি ৯৭৯ হিজরীতে, মক্কায় পৌঁছেন এবং মসজিদে হারামের তত্ত্বাবধায়ক বদরুদ্দিন হোসাইনীর সাথে যথেষ্ট আগ্রহ-উদ্দীপনা নিয়ে কাজ শুরু করেন। তিনি ৯৮০ হিজরীর রবিউল আউয়াল মাসের মাঝামাঝি সময়ে, বাবুস সালামের অংশে, মাহদীর নির্মিত ইমারত ভাঙ্গা শুরু করেন। ৯৮০ হিজরীর ৬ই জুমাদাল উলায় বাবুস সালামের দিক থেকে নির্মাণ কাজ শুরু হয়। আহমদ বেগ নিরলসভাবে মসজিদে হারামের পূর্ব ও উত্তর দিকের নতুন ইমারত তৈরি সম্পন্ন করেন। ঠিক সেই সময়ে সুলতান সেলিমের ইন্তেকাল হয়।

সুলতান সেলিমের মৃত্যুতে উদ্যমী আহমদ বেগ মোটেও বিচলিত হননি এবং হারাম শরীফের নির্মাণ কাজের উৎসাহেও তাঁর কোন ভাটা পড়েনি। তিনি কাজ অব্যাহত রাখেন।

সুলতান মুরাদ ক্ষমতা গ্রহণের পর আহমদ বেগের কাছে নির্দেশ পাঠান, তিনি যেন সুলতান সেলিমের অসমাপ্ত কাজ সমাপ্ত করেন। ফলে, ৯৮৪ হিজরী মোতাবেক ১৫৭৬ খৃষ্টাব্দে, মসজিদে হারামের অবশিষ্ট দুটো দিক- দক্ষিণ এবং পশ্চিম দিকের নির্মাণ কাজ শেষ হয়। দীর্ঘ ৪ বছরের অক্লান্ত পরিশ্রমের পর মসজিদে হারামের নতুন ইমারত গড়ে উঠে যা আজ পর্যন্ত বহাল আছে। বর্তমান মসজিদে হারাম, সৌদী বাদশাহ আবদুল আযীয এবং সুলতান সেলিমের নির্মিত।

আল্লামা কুতুবুদ্দিন হানাফী তাঁর الإعلام বইতে এ সকল তথ্য বিস্তারিতভাবে উল্লেখ করেন। তিনি সেই যুগের সমসাময়িক বলে এ বিষয়ে তাঁর বক্তব্য অন্যান্য ঐতিহাসিকদের বক্তব্যের চেয়ে বেশী নির্ভরযোগ্য। তিনি উল্লেখ করেন যে, আহমদ বেগ আমাকে জানিয়েছেন, এই বিরাট নির্মাণ কাজে সরকারের ১ লাখ সোনার দীনার ব্যয় হয়েছে। মিশর থেকে মক্কায় নিয়ে আসা বিভিন্ন উপকরণ ও সরঞ্জামাদি এই হিসেবেরে অতিরিক্ত।