যমযমের পানি জীবাণুমুক্ত বলে ইতিপূর্বে বৈজ্ঞানিক পরীক্ষাসমূহ দ্বারা প্রমাণিত হয়েছে। কিন্তু বাইরের দূষিত পদার্থ দ্বারা তা প্রভাবিত হয়। যেমন বালতি দ্বারা পানি তোলা, কূপের পার্শ্বে হাজীদের অজু-গোসল এবং ভূগর্ভস্থ পানি প্রবেশ ইত্যাদি বহিরাগত উপাদানের কারণে যমযমের পানি দূষিত হয়ে পড়ে। অবশ্য এ অবস্থা পূর্বে বিদ্যমান ছিল। বর্তমানে বালতি দিয়ে পানি তোলা হয় না, কূপের পার্শ্বে হাজীদের অজু-গোসল নেই এবং কূপের পার্শ্বের গর্ত থেকে ভূগর্ভস্থ পানি বাইরে নিক্ষেপের কারণে তা যমযমে প্রবেশের কোন সমস্যা নেই। তারপরও বহিরাগত কোন কারণে যদি যমযমে রোগ জীবাণু প্রবেশ করে তাকে ধ্বংস করার জন্য ULTRA VIOLET RAY ব্যবহার করে পানিকে Sterialised বা জীবাণুমুক্ত করা হয়।

পানিকে জীবাণুমুক্ত করার জন্য অনেক পদ্ধতি আছে। তারমধ্যে তাপ ব্যবহার করে পানিকে সিদ্ধ করা, অতিবেগুনী আলো দ্বারা জীবাণু মারা, রাসায়নিক পদার্থ ব্যবহার করা কিংবা রাসায়নিক এসিড দ্বারা পানিকে রোগজীবাণু মুক্ত করা হয়।

অতিবেগুনী আলো দ্বারা রোগ জীবাণু ধ্বংস করার পদ্ধতি হচ্ছে, এতে A-২৫৩৭ এঙ্গোস্ট্রোম ইউনিট ব্যবহার করা হয় এবং সে জন্য গ্লাসের তৈরি বিশেষ বাল্ব প্রয়োজন। সম্প্রতি এই পদ্ধতির ব্যাপক প্রচলন হয়েছে এবং এর মাধ্যমে পানিকে রোগ জীবাণুমুক্ত করার জন্য সেকেণ্ডে ১৬ হাজার মাইক্রোওয়াট আল্ট্রাডস ২ সেন্টি মিটারে A-২৫৩৭ অতিবেগুনী আলো ব্যবহার নির্ধারণ করেছে এবং এ জন্য ৩০ হাজার আল্ট্রাডস সংগ্রহের জন্য আল্ট্রা ডিনামিক তৈরি করেছে।

অতিবেগুনী আলো দ্বারা রোগ জীবাণু ধ্বংস হচ্ছে কিনা তা বুঝার জন্য স্বংয়ক্রিয় ও সংবেদনশীল যন্ত্র আবিষ্কার হয়েছে। এটা অতিবেগুনী আলোর কার্যক্রম ও উদ্দেশ্য ঠিক মত আদায় হচ্ছে কিনা তা বলে দেয়। ২৫৩৭ তাপ নিয়ন্ত্রণকারী উক্ত মেশিনের নাম হচ্ছে, জি এল-৫০ আলট্রা ভায়লেট। আবার এই মেশিনের কার্যকারিতা পরীক্ষা করার জন্য রয়েছে ইউ ডি সি-৫০ মালটি সেন্সর।

অতিবেগুনী আলো দ্বারা রোগজীবাণু মুক্ত করার পদ্ধতিটি কয়েকটি কারণে অগ্রাধিকার যোগ্য। সে কারণগুলো হচ্ছে : ১. এতে কোন রাসায়নিক পদার্থ মিশানোর ঝামেলা থাকে না। ২. পানি গরম ও ঠান্ডা করার প্রয়োজন হয় না। ৩. এর মাধ্যমে ৯৯.৯৭% ব্যাকটেরিয়া কিংবা ভাইরাস মারা যায়। ৪. এতে খরচ কম। এক কিলোওয়াট বিদ্যুৎ দ্বারা ১২ হাজার গ্যালন পানি জীবাণুমুক্ত করা যায়। ৫. স্বাস্থ্যসম্মত উপায়ে বিদ্যুত সংযোগ দেয়া যায় এবং ৬. এতে স্বয়ংক্রিয় মেশিন ব্যবহৃত হয়। এ ছাড়াও তার মাধ্যমে পানির স্বাদের মধ্যে কোন বিকৃতি ঘটে না।

ক্লোরামিন নামক রাসায়নিক পদার্থ ব্যবহার করলে স্বাদের মধ্যে বিকৃতি আসতে পারে।

অতিবেগুনী আলো ব্যাকটেরিয়া কিংবা ভাইরাসের গায়ে লাগা মাত্র এর বাইরের আবরণ জ্বলে যায় এবং মাইক্রোবের অন্তর বা ডিএনএকে ধ্বংস করে দেয়।

অতিবেগুনী আলোর পদ্ধতিটি হচ্ছে, একটি সিলিন্ডারের ভেতর পানি ঢুকানো হয়। এর ভেতর অতিবেগুনী আলোর বাল্ব থাকে। বাল্ব ক্রিস্টাল গ্লাসের ভেতর থাকায় তা পানিকে স্পর্শ করতে পারে না। পানির পরিমাণের উপর নির্ভর করে সিলিন্ডারের ভেতর কি পরিমাণ বাল্ব থাকবে। সিলিন্ডারের নীচ দিয়ে পানি ঢুকে এবং উপর দিয়ে জীবাণুমুক্ত হয়ে বের হয়। ফলে সকল পানি এ পথ দিয়ে জীবাণুমুক্ত হতে বাধ্য।

আলোর বাল্ব যদি ৩০ হাজার ইউনিটের কম শক্তি সম্পন্ন না হয় তাহলে, ব্যাকটেরিয়া ধ্বংসের জন্য তাতে কমপক্ষে ৬ হাজার থেকে ১৩ হাজার অতিবেগুনী আলোর ইউনিট প্রয়োজন হয়।

১৯৭৫ খৃস্টাব্দে যমযমে অতিবেগুনী আলো দ্বারা রোগজীবাণুমুক্ত করার কর্মসূচী গৃহীত হয় এবং প্রয়োজনীয় যন্ত্রপাতি আনার জন্য যুক্তরাষ্ট্রে দু'জন প্রতিনিধি যায়। তারপর মেশিন বসানো হয়, পরে রোগ জীবাণুমুক্ত পানি একাধিকবার পরীক্ষা করে দেখা যায় যে, তা পুরো জীবাণুমুক্ত। ১৪০২ হিজরীর পর যমযমের সকল পানি অতিবেগুনী আলো দ্বারা জীবাণুমুক্ত করার কাজ শেষ হয় এবং বিন লাদিন কোম্পানী তা আঞ্জাম দেয়।

কুর্দী বলেন, যমযমের তলদেশ মাঝে মাঝে পরিষ্কার করা উত্তম। কেননা এতে বালু জমে। কূপ পরিষ্কার করার দু'টো ফায়দা আছে। একটি হল এতে কূপ পরিষ্কার হবে আর অন্যটি হচ্ছে পানির পরিচ্ছন্নতা বাড়বে এবং উৎপাদন বৃদ্ধি পাবে।

আযরাকী বলেন, হিজরী ২২৩ ও ২২৪ সালে যমযম পরিষ্কার করা হয়। পানি খুব কমে গিয়ে এক পর্যায়ে তা শুকিয়ে যায়। তারপর নীচে ৯ হাত গভীর করা হয় এবং পরের বছর বৃষ্টি হওয়াতে এর পানি বৃদ্ধি পায়। এছাড়াও খলীফা হারুনুর রশীদ এবং খলীফা মাহদীর আমলে দু'বার কূপ খনন করা হয় এবং তা পরিষ্কার করা হয়।

কুর্দী আরো উল্লেখ করেন যে, ১০২৮ হিজরীর রমযান মাসে, যমযমের পশ্চিম দিক এবং শামীয়ার দিক থেকে কূপে কিছু পাথর ধসে পড়ে। এর ফলে পানির স্বাদ পুরো পাল্টে যায় এবং এতে লবণাক্ততা বৃদ্ধি পায়। এমনকি পানির ওজন অপেক্ষাকৃত ভারী হয়ে যায়। তারপর তা শরীফ ইদরিস বিন হাসানের আমলে পরিষ্কার করা হয়। ১০৬৮ হিজরীর জিলকদ ও জিলহজ্জ মাসে যমযমের পানি অনেক কমে যায়। বালতিতে বালু ছাড়া তখন অন্য কিছু উঠত না। তারপর কূপ খনন করা হয় এবং তা পরিষ্কার করা হয় এবং অবস্থা এমন পর্যায়ে দাঁড়ায় যে, রাত্রে কূপ বন্ধ রাখতে হয় এবং দিনে তা হাজীদের জন্য খোলা রাখতে হয়।

ঐতিহাসিক তথ্য দ্বারা প্রমাণ পাওয়া যায় যে, অতীতে খুব অল্পই যমযম কূপ পরিষ্কার করা হয়েছে। কেননা, এটি অন্য কূপের মত নয়। হাজী ও উমরাহ আদায়কারীদের কারণে তা বেশী সময় ধরে বন্ধ রাখা সম্ভব নয়।

বর্তমান যুগে দু'বার যমযম কূপ পরিষ্কার করা হয়। একবার ১৩৯৯ হিজরীতে বিন লাদিন কোম্পানী কর্তৃক মাতাফ সম্প্রসারণ করার সময়। মাতাফ বাড়ানোর জন্য যমযমের প্রবেশ পথ ও পানকেন্দ্রকে যখন কূপ থেকে সরিয়ে কিছু দূরে মাটির নীচে তৈরির পরিকল্পনা নেয়া হয় তখন, খননকাজ পরিচালনার সময় যমযমের কাছে এবং নতুন কক্ষ তৈরির ভিত্তি স্থানের কয়েক জায়গা থেকে হঠাৎ করে ভূগর্ভস্থ পানি বেরিয়ে আসে। তখন যমযম কূপকে ভূগর্ভস্থ পানি থেকে রক্ষার জন্য ব্যবস্থা গ্রহণের সিদ্ধান্ত গৃহীত হয়। একই উদ্দেশ্যে পৌঁছার লক্ষ্যে যমযমের পানির উৎসমুখ সম্পর্কে জানা এবং ভূগর্ভস্থ কোন পানি তাতে প্রবেশ করছে কিনা তা দেখার নির্দেশ দেয়া হয়।

এই কাজের জন্য ডুবুরীর প্রয়োজন। তাই জেদ্দা সামুদ্রিক বন্দর কর্তৃপক্ষের কাছ থেকে দু'জন ডুবুরী ধার নেয়া হয় এবং সর্বাধুনিক যন্ত্রপাতি দিয়ে তাদেরকে যমযমে নামানো হয়। এই দু'জন ডুবুরীর একজন হচ্ছে পাকিস্তানী এবং অন্যজন হচ্ছে মিসরীয়। ডুবুরীরা তাদের পেশাদার পোশাক পরে কূপে নামেন এবং সাথে টর্চ লাইট নেন যাতে করে যমযমের ভেতরের দেয়াল, উৎস ও অন্যান্য জিনিসগুলো ঠিকমত দেখতে পান। তারা ১৭/৫/১৩৯৯ হিজরীর শনিবার রাত ৯ টায় কূপে নামেন, আধ ঘন্টা কূপের ভেতর অবস্থান করে উপরে উঠে আসেন এবং প্রাথমিক রিপোর্ট পেশ করেন। তারা বলেন, উপর থেকে ৯ মিটার নীচ পর্যন্ত কূপের দেয়াল প্লাস্টার করা এবং প্লাস্টারের নীচে পানির দুটো উৎসমুখ আছে। তবে তারা এগুলো কোন দিক থেকে এসেছে তা ঠিকভাবে নির্ধারণ করতে পারেননি। কেননা তাদের সাথের কম্পাসটি কাজ না করায় তারা দিক নির্ণয় করতে ব্যর্থ হন। কম্পাস পুরো ভাল। তারপরও কূপের ভেতর কেন কাজ করছে না তা একটা অস্বাভাবিক ব্যাপার। তারপর তারা দ্বিতীয়বার আরেকটি ভাল কম্পাস নিয়ে নীচে নামেন। এবারও কম্পাস কাজ করেনা। তারপর তাদেরকে কূপের গভীর তলদেশে পৌছে সে সম্পর্কে তথ্য দান করার জন্য নির্দেশ দেয়া হয়। তারা তলদেশ সম্পর্কে প্রদত্ত রিপোর্টে বলেন, নীচে লোহার কিছু পাইপ, বিভিন্ন ঘটি-বাটি ও পানপাত্র রয়েছে। কম্পাসের কাজ না করার পেছনে লোহার প্রভাবই এর উপযুক্ত বৈজ্ঞানিক ব্যাখ্যা। ফ্লাশ ক্যামেরা দিয়ে ফটো তোলার সময় ফ্লাশের সংযোগ তারটি কূপে পড়ে যায়। অনেক তালাশ করেও ডুবুরীরা তা আর উদ্ধার করতে পারেননি। ফলে, যমযমের পানির উৎস সম্পর্কে জানার আর কোন পথই অবশিষ্ট থাকল না। জেদ্দা শহরের সকল ক্যামেরা আমদানিকারীদের সাথে যোগাযোগ করেও আর ঐ বিশেষ ফ্লাশ সংযোগটি সংগ্রহ করা সম্ভব হল না। একেবারে হারিয়েই গেল এটি।

তারপর বিশেষ টেলিভিশন ক্যামেরার সাহায্য নেয়া হয়। ঐ ক্যামেরার মাধ্যমে পানির পাইপ ও ড্রেনের ভেতর থেকে ছবি তোলা যায়। এই ক্যামেরাটির অর্থ হচ্ছে, এটি রেকর্ডিং যন্ত্রপাতি দ্বারা সজ্জিত একটি গাড়ী। এর তার ৫০ মিটার লম্বা। পেছনে হচ্ছে ক্যামেরা। এর মাধ্যমে পানির ভেতরের ছবি নেয়া হয়। এই ক্যামেরা ব্যবহার করে পানির সকল উৎস ও ছিদ্রগুলো দেখা সম্ভব হয়। তবে এর মাধ্যমে বেগে নির্গত পানির পরিমাণ জানা সম্ভব হয়নি। কেননা, ক্যামেরাটি তখন পানিতে ছিল এবং এর ভেতর পানি ঢুকে পড়ে। আরেকটি ক্যামেরা আনার পর সেটিতেও পানি ঢুকায় তা জানা আর সম্ভব হয়নি। তারপর ক্যামেরাটি লণ্ডনে পাঠিয়ে পরিষ্কার করা হয় এবং এর ভেতর যাতে পুনরায় পানি না ঢুকতে পারে সে রকম কভার লাগানো হয়।

দু'জন ডুবুরী কূপের ভেতর মওজুদ বিভিন্ন ঘটি-বাটি, পানপাত্র, লোহা, বালতি ও অন্যান্য জিনিস উঠানো শুরু করেন। অর্ধ রাত্রি পর্যন্ত ডুবুরীরা কাজ করেন এবং পরে কাজ বন্ধ করে দেন।

পরের দিন ১৮।৫। ১৩৯৯ হিজরী রোববার কূপ পরিষ্কার করার কাজ পুনরায় শুরু হয়। তারা আরো কিছু বালতি, মগ, বাটি, মুদ্রা ও অন্যান্য জিনিস উত্তোলন করেন। তারা কূপ সম্পর্কে আরো পরিষ্কার ধারণা লাভ করেন। তারা বলেন, কূপ ৯ মিটার পর্যন্ত নীচের দিকে সোজাভাবে খাড়া। তারপর তা কাবার দিকে বেঁকে গেছে। কাবার দিকের উৎসমুখটি ৩০.৫০ সেন্টিমিটার এবং ২য়টি আজানখানার দিকে এবং সেটি অপেক্ষাকৃত ছোট। তারা আরো বলেন, কূপের প্লাস্টারকৃত অংশের মধ্যে কোন ফাটল বা ছিদ্র নেই। প্লাস্টারের নীচে রয়েছে কাহুত পাথরের দেয়াল এবং তাতে রয়েছে বিভিন্ন ছিদ্র।

এই সকল তথ্যের পর মসজিদে হারামের ভূগর্ভস্থ পানি মসজিদের বাইরে অবস্থিত বৃষ্টির পানি নিষ্কাশনের ড্রেনে ফেলার জন্য সিদ্ধান্ত গৃহীত হয়।

ডুবুরীরা রিপোর্ট দেয় যে, উপর থেকে কূপের ১৪.৮০ মিটার নীচ পর্যন্ত মজবুত প্লাস্টার করা এবং এর নীচে পানির দুটো উৎস আছে। তাই কূপের ৪ দিকে প্রস্তাবিত ৫ মিটার গভীর দেয়াল নির্মাণ করে ভূগর্ভস্থ পানি প্রবেশ বন্ধ করার পরিকল্পনা বাদ দেয়া হয়। কেননা, উক্ত প্লাস্টারের ফলে কূপে ভূগর্ভস্থ পানি ঢুকতে পারে না।

কূপ পরিষ্কার করার সময় পাকিস্তানী ডুবুরী মুহাম্মদ ইউনুস এবং মিসরীয় ডুবুরী সহ দু'জনেই বাতাস ভর্তি সিলিন্ডার নিয়ে কূপের ভেতর নামেন যাতে করে পানির নীচে শ্বাস-প্রশ্বাসে কোন অসুবিধা না হয়। ছোট সিলিন্ডারটি ঘন্টা এবং বড় সিলিন্ডারটি আধা ঘন্টা পর্যন্ত ব্যবহার উপযোগী। এরপর বাতাস শেষ হয়ে যায়। ডুবুরীরা আস্তে উঠানামা করেন যাতে করে রক্তে এর কোন প্রভাব না পড়ে। ফলে নামতে ৫/৭ মিনিট সময় লাগে আবার উঠতেও ঐ পরিমাণ সময় লাগায় ডুবুরীরা কূপের ভেতর বেশীক্ষণ থাকতে পারেন না। বড় জোর দশ মিনিট থাকতে পারেন। কিন্তু ডুবুরীদের দীর্ঘ সময় ধরে কূপের ভেতর কাজ করা প্রয়োজন এবং সেজন্য দীর্ঘস্থায়ী বাতাস সরবরাহকারী ব্যবস্থা দরকার। এজন্য কম্প্রেসার আনা হয় যাতে করে ডুবুরীদেরকে কূপের ভেতরে কাজ করার সময় পাম্প করে বাতাস সরবরাহ করা সম্ভব হয়। বাজারে বহু তালাশ করার পর ডুবুরীদের বাতাস পাম্প করার উপযোগী দুটো কম্প্রেসার সংগ্রহ করা সম্ভব হয়। কিন্তু পাম্পের বাতাস বিশুদ্ধকরণের জন্য এক ধরনের ফিলটার এবং পাম্পে ব্যবহারের জন্য এক ধরনের বিশেষ তেল দরকার। যাতে করে ডুবুরীদের গলায় কোন জ্বালা সৃষ্টি না হয়। কেননা, ডুবুরীরা পানির নীচে মুখ দিয়ে বাতাস গ্রহণ করে, নাক দিয়ে নয়। পাম্পে সাধারণ তেল ব্যবহার করলে তার বাষ্প গলার জন্য ক্ষতিকর।

বহু চেষ্টার পর বাজারে বাতাস বিশুদ্ধকারী দু'টো ফিলটার পাওয়া গেলেও ঐ বিশেষ তেল কিন্তু পাওয়া যায়নি। তবুও ডুবুরীদ্বয় কাজ করার আগ্রহ প্রকাশ করেন। ২২০ ভল্ট বিদ্যুতের মাধ্যমে কূপের ভেতর আলো দান করার ব্যবস্থা করা আরেক সমস্যা। কেননা, তা পানির সাথে লেগে বিদ্যুত বিভ্রাট সৃষ্টি হলে, ডুবুরীদের জন্য ক্ষতিকর হতে পারে। তারপর জেদ্দার সামুদ্রিক ওয়ার্কশপসহ অন্যান্য ওয়ার্কশপে তালাশ করার পর বিশেষ ধরনের টর্চ পাওয়া যায় যা কম্প্রেসারের ভেতর থেকে উর্ধগামী বাতাসের সাহায্যে জ্বালানো যায়। এর ভেতর দিনমু নামক একটি যন্ত্র আছে, তাতে কম্প্রেসারের বাতাস লাগলে বিদ্যুত তৈরি হয় এবং এর ফলে টর্চ জ্বলে ও আলো পাওয়া যায়। কিন্তু এর ফলে কূপের ভেতরের বালু নড়াচড়া শুরু করায় ডুবুরীরা ভেতরে কিছু দেখতে পায় না। পরে এই সমস্যার সমাধান করা হয় এবং ২২০ ভল্টকে ১২ ভল্টে রূপান্তরিত করে কূপে আলো দান করা হয়। পানির সাথে ১২ ভোল্ট লাগলেও তাতে ডুবুরীদের কোন অসুবিধা হওয়ার কথা নয়।

কূপের ব্যাস সংকীর্ণ হওয়ায় ভেতরের আবর্জনা ও বিভিন্ন পাত্র তুলতে যথেষ্ট বেগ পেতে হয়। একজন করে ডুবুরী কাজ করে এবং উপর থেকে বিদ্যুতের তার বাতাসের পাইপ এবং যোগাযোগের তার নীচ পর্যন্ত ঝুলানোর কারণে এই সংকীর্ণতা আরো প্রকট হয়।

ময়লা আবর্জনা তোলার জন্য প্লাস্টিকের ড্রামে রশি বেঁধে কপিকলে তা জুড়ে দেয়া হয় এবং উপর থেকে টেনে ময়লা আবর্জনাগুলো বাইরে নিয়ে আসা হয়। ভেতর থেকে ড্রাম ভর্তি হলে ডুবুরী মেশিনের মাধ্যমে তা বলে দিত এবং সে অনুযায়ী ড্রাম টেনে তোলা হত।

কিন্তু একবার ড্রামের সাথে বাতাস সরবরাহকারী পাইপ আটকে গিয়ে সমস্যার সৃষ্টি করে। ড্রাম টেনে তোলার সময় ঐ সংকট দেখা দেয়। ভেতরে কোন বাতাস ভর্তি সিলিন্ডার না থাকায় শ্বাস-প্রশ্বাসের বিকল্প ব্যবস্থার অস্তিত্ব অনুপস্থিত। তাই ডুবুরীরা বিরাট সংকটের মধ্যে পড়ে। তারপর কোন প্রকারে ডুবুরী কূপ থেকে উঠে আসতে সক্ষম হয়। ডুবুরী উঠার আগে ড্রাম তোলা হয় এবং ড্রামের সাথে ডুবুরীর মুখোশও চলে আসে। এর তিন মিনিট পর ডুবুরী উঠে আসে। আল্লাহর মেহেরে বিনা দুর্যোগেই আল্লাহ তাকে উদ্ধার করেন।

কম্প্রেসারের উপযোগী বিশেষ তেলের অভাবে ডুবুরীর গলা জ্বালা শুরু হয়। কিন্তু পরে অভিজ্ঞতায় জানা যায় যে, কূপে উঠানামার আগে-পরে দুধ কিংবা দই পান করলে গলায় জ্বালা সৃষ্টি হয় না। রাত্রেই পরিষ্কার করার কাজ অব্যাহত রাখা হয়। ডুবুরীরা দৈনিক ২ থেকে ৩ ঘন্টা কাজ করেন।

কূপ থেকে শক্ত জিনিসপত্র যেমন মগ, বালতি, লোহার পাইপ ইত্যাদি পরিষ্কার করার পর দেখা যায় যে, কূপে আরো কিছু কাদা-বালু রয়েছে। তারপর ৪ ইঞ্চি কিংবা ৬ ইঞ্চি মোটা পাইপ কূপের তলদেশে লাগিয়ে এর ভেতর চিকন আরেকটি পাইপ ঢুকিয়ে তাতে কম্প্রেসারের মাধ্যমে বাতাস প্রবেশ করিয়ে চাপ দিলে কাদাগুলো সব উপরে উঠে আসে। প্রায় আধা ঘন্টা যাবত এভাবে কাজ করায় ছোট পাইপের মাধ্যমে বড় পাইপে এসে কাদা জমা হয় এবং তা পরে উপরে উঠে আসে। কিন্তু হঠাৎ করে দেখা যায় যে, পাইপে মগের মত শক্ত জিনিস ঢুকে তাকে বন্ধ করে দিয়েছে। পাইপ পরিষ্কার করে কয়েকবার ঐ রকম করায় কয়েকবারই তা বন্ধ হয়ে যায়। পরে পুনরায় প্লাস্টিকের ড্রাম ব্যবহার করা হয় এবং কাদা উপরে তোলা হয়। কাদা তোলা বড়ই কষ্টকর। কেননা, তখন পানি ঘোলা হয়ে যায় এবং আলো থাকা সত্বেও ডুবুরী কিছুই দেখতে পায় না।

১২ সদস্যবিশিষ্ট একটি টীম নীচ থেকে উপরে তোলা যমযমের জিনিসপত্রগুলো পরীক্ষা করে দেখে। তারা শক্ত জিনিসগুলোকে কাঠের বাক্সে, মুদ্রাগুলোকে প্যাকেটে এবং বালুকে প্লাস্টিকের বড় ব্যাগে ভর্তি করে হারামের যাদুঘরে রেখে দিয়েছে।

কূপের তলদেশ পরীক্ষা করার পর এর দেয়াল পরীক্ষা করা হয়। তারের তৈরি এক প্রকার জিনিস দিয়ে তা পরিষ্কার করা হয়। এই পরিষ্কার অভিযানে রঙিন ছবি তোলা সম্ভব হয়নি এবং উৎসমুখগুলো থেকে বেগে পানি বের হওয়ার পরিমাণ সম্পর্কেও বিশেষ কিছু জানা যায়নি। কেননা, নীচে পানি ঘোলা ছিল বলে তা বুঝা যায়নি।

এই অভিযান ২৮।৫।১৩৯৯ হিজরী, মোতাবেক ১৫।৪।১৯৭৯ তারিখে শুরু হয় এবং ২৫।৭।১৩৯৯ হিজরী মোতাবেক ২০। ৬। ১৯৭৯ তারিখে দীর্ঘ প্রায় দুই মাস পর শেষ হয়।

২য় পর্যায়ের পরিষ্কার অভিযান শুরু হয় ১৪০০ হিজরীর মুহররম মাসে। মসজিদে হারামে আক্রমণকারী জোহায়মান বেগ ও তার দলবল যখন মসজিদে হারামকে দখল করে নেয় তখন মসজিদে হারামের চারদিকের ভূগর্ভস্থ পানি সরানোর কাজে নিয়োজিত বিন লাদিন কোম্পানীর পাম্প মেশিনগুলো বিদ্যুত সংযোগের অভাবে বন্ধ হয়ে যায় এবং পানির স্তর বৃদ্ধি পেয়ে পাম্প মেশিনগুলো পর্যন্ত উপরে উঠে। ফলে, গোটা হারাম ঐ পানিতে ভরে যায় এবং যমযম কূপেও তা ঢুকে। বেসামরিক প্রতিরক্ষা বিভাগ তাদের ডিজেল চালিত পাম্প মেশিন দিয়ে উক্ত পানি সরানোর কাজ শুরু করে। কিন্তু পানির আধিক্যের কারণে তাদের পক্ষে তা সম্ভব হয়ে উঠেনি। তখনও বিদ্রোহীরা মসজিদের মাটির নীচতলায় অবস্থান করছে। সেই সময়েই হারাম কর্তৃপক্ষ মসজিদে হারাম এবং যমযমের চারপাশ থেকে উক্ত পানি সরানোর নির্দেশ দেয় এবং বিদ্রোহীদের দমন শেষে যমযমের অবস্থা বিশ্লেষণের সিদ্ধান্ত গ্রহণ করে। তখন যমযমের চারপার্শ্বে প্রায় দেড় মিটার উঁচু পানি বিরাজ করছে। পরে যমযমের পার্শ্বে তিনটি পাম্প মেশিন বসানো হয়। বাইরে থেকে যমযম পর্যন্ত বিদ্যুত সংযোগ দিয়ে উক্ত মেশিনগুলো চালু করা হয় এবং সেই পানি বাবুস সাফার নিকট অবস্থিত বৃষ্টির পানি নিষ্কাশনের ড্রেনের মুখে নিক্ষেপ করা হয়। যমযমের চারপার্শ্বে রাখা যন্ত্রপাতি এবং কূপ থেকে তোলা বিভিন্ন জিনিসপত্র কূপের চারপার্শ্বে এলোমেলো পড়ে থাকে। ঐ সময় কূপের পার্শ্বে কয়েকটি বোমা পাওয়া যায় যা বিস্ফোরিত হয়নি। পানি নিষ্কাশনের সময় তখনও গুলী এবং হাত বোমার আওয়ায মাটির নীচতলা থেকে শোনা যাচ্ছিল। তা সত্বেও পরিষ্কার অভিযান অব্যাহত ছিল।

বিদ্রোহীদের বিদ্রোহ দমনের পর যমযমের ভেতর পরিষ্কার করার জন্য (মক্কার) হজ্জ গবেষণা কেন্দ্র এবং জেদ্দার সামুদ্রিক বন্দরের দু'জন ডুবুরীর সাহায্য নেয়া হয়। এবারকার ডুবুরীদ্বয় হচ্ছেন, পাকিস্তানের মুহাম্মদ লতীফ এবং মিসরের শওকী আবদুল হামীদ। তারপর ডুবুরীদের সাহায্যে কূপের ১ মিটার এবং ৩ মিটার নীচের পানির নমুনা সংগ্রহ করে তা পরীক্ষা করা হয়।

উক্ত জীবতাত্বিক পরীক্ষায় এর মধ্যে বহু রোগ জীবাণু এবং ব্যাকটেরিয়ার সন্ধান পাওয়া যায়। এতে দেখা যায় যে- ১ মিটার নীচের পানিতে স্যালামোনেল্যা এবং সিগিল্যা মাইক্রোব হচ্ছে, ১ সেন্টিমিটারে ২ লাখ ৮৬ হাজার। ৩ মিটার নীচের ১ সেন্টিমিটার পানিতে ১ লাখ ২৩ হাজার। ৩ মিটার নীচের ১ সেন্টিমিটার পানিতে ৩৭ ডিগ্রী তাপমাত্রায় রোগ বিস্তারকারী জীবাণুর সংখ্যা হচ্ছে ৬ কোটি ২০ লাখ। তবে রোগ বিস্তারকারী নয় এমন ব্যাকটেরিয়া ২০ ডিগ্রী তাপমাত্রায় অবস্থানকারী ১ মিটার নীচের পানিতে ১ সেন্টিমিটারে হচ্ছে ১৫ লাখ ৩০ হাজার এবং ৫ মিটার নীচের ১ সেন্টিমিটার পানিতে এর সংখ্যা হচ্ছে ৬৩ লাখ।

এই পরীক্ষার ফলাফলের কারণে এটা সুনিশ্চিতভাবে জানা গেল যে, বাইরের পানিতে যমযমের পানি পুরো দূষিত হয়ে গিয়েছিল। তাই হাজী এবং জিয়ারতকারীদের সহ সবাইকে এই পানি পান করতে নিষেধ করা হল। এদিকে যমযমের ভেতরের সকল পানি তুলে বাইরে ফেলে দেয়া, এর দেয়াল পরিষ্কার করা এবং পুরো কূপের পরিচ্ছন্নতা জরুরী। দূষিত পানি থেকে হজ্জ গবেষণা কেন্দ্রের পরিচালক ইঞ্জিনিয়ার সামী আনকাওয়ী এবং অন্য কর্মকর্তা ডঃ আবদুল হাফেজ সালামাহ পরীক্ষার ফলাফল প্রকাশের আগেই পান করা সত্বেও তাদের কোন ক্ষতি হয়নি। এমনকি, তাদের সাথে আরো কিছু লোকও তা পান করে, তাদেরও কোন ক্ষতি না হওয়ায় সবাই আশ্চর্য হয়ে যায়। ইতিমধ্যে বাইরে থেকে বিদ্যুত সংযোগ দিয়ে কূপের ভেতরের পানি বের করার জন্য একটি পাম্প মেশিন লাগানো হয়। এর ফলে, পানি মাত্র ৫ মিটার নীচে নামে। ফলে এজন্য আরো বেশী পাম্প মেশিন ব্যবহার জরুরী। অপরদিকে কূপের ব্যাস সংকীর্ণ হওয়ায় এবং ডুবুরীদের নীচে অবতরণ, সংযোগ, ক্যামেরা, বিদ্যুত, কম্প্রেসারের পাইপসহ সকল প্রকার যন্ত্রপাতি ঢুকানো সমস্যা হয়ে দাঁড়ায়। এজন্য এগুলোর সুষ্ঠু সমন্বয় না হলে যে কোন সময় তা বিপদ ডেকে আনতে পারে। তাসত্বেও পরে আরো তিনটি পাম্প মেশিন বসিয়ে পানি তোলা শুরু হয়। ৪টি পাম্প মেশিন মিনিটে গড়ে ৮ হাজার লিটার পানি সেচ শুরু করে। তখন কূপের পানি কমে আসে এবং প্রধান উৎসগুলো দেখা যায়। পানি এতো জোরে কূপে এসে পড়া শুরু করে যে, সবাই আওয়াজ শুনে আশ্চর্য হয়ে যায়। আযানের শব্দের মতো মনে হতে থাকে। তখন পাম্প মেশিন বন্ধ করা হয়।

এবং এই দুর্লভ দৃশ্যের ছবি তোলার চেষ্টা করা হয়। কিন্তু সমস্যা দেখা দেয়, ভেতরের উর্ধমুখী জলীয় বাষ্পের কারণে ক্যামেরার ফ্লাশ জ্বলে যায়। পরে পাখা সমন্বিত ফ্লাশ ক্রয় করা হয় যেন ফ্লাসের বাল্বে জমা জলীয় বাষ্পকে বাতাস করে সরিয়ে দেয়া যায়। তার ২/৩ দিন পর আবার পাম্প মেশিন ব্যবহার করে পানি কমানো হয় এবং পানির উৎসমুখের ছবি তোলা হয়। ইতিমধ্যে পানিতে বিদ্যুতের তার লাগায় যারা ১৩ মিটার নীচে নেমে ছবি তুলছিলেন তাদের সমস্যা দেখা দেয়। সাথে সাথে তারা উপরে চলে আসেন এবং ইতিমধ্যে সকল প্রকার ছবি তোলা শেষ হয়।

কা'বার দিক থেকে আগত উৎসের পানির মধ্যে কোন রোগ জীবাণু পরীক্ষায় ধরা পড়েনি। তারপর যমযমের পানির উৎসের গৃহীত ছবির রঙ্গীন সিনেমা ফিল্ম এবং এর উপর ভিডিও ক্যাসেট তৈরি করা হয়।

তারপর আবার কূপের সকল পানি তোলার চেষ্টা করা হয় যাতে কূপের পরিষ্কার অভিযান শেষ করা যায়। ২/৩ দিন যাবত অনবরত পানি তোলার পর ধারণা করা হয় যে, বিরাট পরিমাণ পানি বাইরে ফেলে দেয়া হয়েছে, তখন পাম্প মেশিনগুলো বন্ধ করে দেয়া হয়। ২৪ ঘন্টার জন্য পানিতে ক্লোর মিশানো হয়। কিন্তু ভেতরে পরিষ্কারকারী ডুবুরীদের ক্লোরের গন্ধে অসুবিধা সৃষ্টি হয়। যাই হোক, কূপের পরিষ্কার অভিযান শেষে ডুবুরীরা উপরে উঠে আসেন। কূপের পরিষ্কার অভিযান সফল হওয়ার পর এবং তা হাজীদের পান করার উপযোগী হওয়ার ব্যাপারে নিশ্চিত হওয়ার কারণে ২য় পর্যায়ের পরিষ্কার অভিযান এখানেই শেষ হয়।

তারপর যমযমের এই পরিষ্কার অভিযানের উপর পত্র-পত্রিকায় ব্যাপকভাবে খবর ছাপা হতে থাকে এবং সৌদী টেলিভিশনে উক্ত অভিযানের উপর পূর্ণাঙ্গ ফিল্ম প্রদর্শন করা হয়।