দ্বিতীয় বিশ্বযুদ্ধের পর ১৩৬১ হিজরিতে (১৯৪২ খ্রিষ্টাব্দে) জাপান ইন্দোনেশিয়া দখল করে। মুসলমানদের প্রতিরোধের কারণে মিত্ররা জাপানকে পরাজিত করে স্বাধীনতার প্রতিশ্রুতির ভিত্তিতে। চুক্তির আলোকে মিত্রদের আশা বাস্তবায়ন হয় এবং দ্বিতীয় বিশ্বযুদ্ধে জাপানের পরাজয় ঘটে। এতে ইন্দোনেশিয়ার স্বাধীনতা পাওয়ার পথ উন্মুক্ত হয়। কিন্তু ঔপনিবেশিকতা মুসলমানদের স্বাধীনতাকে আটকে রাখে। তদুপরি ১৩৬৪ হিজরিতে (১৯৪৫ খ্রিষ্টাব্দে) ইন্দোনেশিয়ায় আহমাদ সুকার্নো তার নেতৃত্বে একটি জোটবদ্ধ সরকার গঠন করার ঘোষণা দেয়। তবে মিত্ররা নিজেদের অবস্থান টিকিয়ে রাখার জন্য তাদের নেতৃত্ব জাপানি সৈনিকদের হাতে তুলে দেয় এবং মিত্র সৈনিকরা তাদের জায়গা দখল করে।

ব্রিটিশদের শক্তি ও সহযোগিতায় হল্যান্ডের সৈন্যবাহিনী ইন্দোনেশিয়ায় প্রবেশ করে। ফলে ১৩৬৪ হিজরিতে (১৯৪৫ খ্রিষ্টাব্দে) ইন্দোনেশিয়ার জাকার্তায় মুসলমানদের একটি সম্মেলন হয়। তারা ইসলামের ছায়াতলে খ্রিষ্টানদের মোকাবিলায় ঐক্যবদ্ধ হতে একমত হয়। ইন্দোনেশিয়ার মুসলমানরা একটি মজলিশে শুরা গঠন করে, যা মাশুমি নামে পরিচিত। তারা হল্যান্ড ও তার সহযোগী বাহিনীকে প্রতিহত করতে থাকে। তখন হল্যান্ড প্রতিনিধিদের সাথে একটি অধিবেশন হয়। হল্যান্ড সর্বদা ইন্দোনেশিয়ার বিভিন্ন অঞ্চলের ওপর ভিত্তি করে সরকারের কর্তৃত্বকে স্বীকৃতি দেয়। সময়ের ব্যবধানে তারা চুক্তি ভঙ্গ করে মুসলমানদের রক্ত ঝড়ায়। ফলে ডাচদের বিরুদ্ধে ইসলামের প্রতিরোধ তীব্রতর হয়।

অবশেষে ১৩৬৯ হিজরিতে তারা (১৯৪৯ খ্রিষ্টাব্দে) ইন্দোনেশিয়ার স্বাধীনতার স্বীকৃতি দিতে বাধ্য হয়।

জার্মানরা ইরিয়ান দ্বীপের পূর্ব অংশকে নিয়ন্ত্রণ করে, যা পাপুয়া নামে পরিচিত। যখন দ্বিতীয় বিশ্বযুদ্ধে জার্মানরা পরাজিত হলো তখন এটা অস্ট্রেলিয়ার সাথে যুক্ত হয়। তারপর স্বাধীন হয়ে নিউগিনি রাজ্য হয়। ইরিয়ান দ্বীপের পশ্চিম অংশ হল্যান্ড নিয়ন্ত্রণ করত, তাই এ অংশটি পশ্চিম ইরিয়ান নামে পরিচিত ছিল। আর ১৩৬৯ হিজরিতে (১৯৪৯ খ্রিষ্টাব্দে) যখন হল্যান্ড থেকে ইন্দোনেশিয়া স্বাধীন হলো তখন এ অংশটি নিয়ে কোনো সমঝোতায় পৌঁছতে পারেনি।

স্বাধীনতার পূর্ব পর্যন্ত হল্যান্ডই এর নিয়ন্ত্রণ ও সংরক্ষণ করছিল। অতঃপর ১৩৮২ হিজরিতে (১৯৬২ খ্রিষ্টাব্দে) এটা ইন্দোনেশিয়ার সাথে সংযুক্ত হয়। ১৩৯৭ হিজরিতে (১৯৭৭ খ্রিষ্টাব্দে) ইন্দোনেশিয়া থেকে স্বাধীনতা লাভের জন্য এবং পূর্ব অংশ তাদের সাথে যুক্ত করার জন্য তারা বিদ্রোহ করে। কিন্তু তাদের বিদ্রোহ ব্যর্থ হয়। আর এতে ইন্দোনেশিয়া ও নিউগিনির মধ্যে সীমান্ত নির্ধারিত হয়।

ইন্দোনেশিয়ার পূর্ব দ্বীপের তিমুর এবং তিমুরের উত্তর-পশ্চিমাঞ্চলের উকসি ও আবিনো অঞ্চল পর্তুগাল নিয়ন্ত্রণ করছিল। ১৩৯৫ হিজরিতে (১৯৭৫ খ্রিষ্টাব্দে) এই অংশ স্বাধীন হয় এবং ইন্দোনেশিয়ার সাথে যুক্ত হয়। কিন্তু পূর্ব তিমুরের রামিয়া দ্বীপ স্বাধীন করার জন্য পর্তুগাল বিরোধী দলকে সমর্থন দেয়। বিশেষত যেহেতু এর অধিকাংশ অধিবাসী ছিল ক্যাথলিক খ্রিষ্টান। ১৩৯৭ হিজরি (১৯৭৭ খ্রিষ্টাব্দ) পর্যন্ত ইন্দোনেশীয়রা দখলদারদের বিরোধিতা করে। কিন্তু জাতিসংঘসহ বিশ্বের অধিকাংশ রাষ্ট্র পূর্ব তিমুরকে ইন্দোনেশিয়ার সাথে যুক্ত করার বিরোধিতা করে। ইউরোপ, আমেরিকা, অস্ট্রেলিয়া এবং বিশেষ করে জাতিসংঘের সমর্থনে শেষ পর্যন্ত পূর্ব তিমুর স্বাধীনতা লাভ করে।