সুলতান সুলাইমান কানুনির শাসনামলের শেষভাগ হতে প্রধানমন্ত্রীই ছিলেন সেনাপতি। খলিফা তৃতীয় মুহাম্মাদ এ নিয়ম ভেঙে সেনাধিনায়কের পদ নিজের নিকট রাখেন। ইতিপূর্বে উসমানি বাহিনী লাগাতার পরাজয় বরণ করে আসছিল। খলিফা দায়িত্ব নেওয়ার পর সৈন্যদের অন্তরে ধর্মীয় চেতনা বৃদ্ধি পায় এবং জিহাদি প্রেরণায় জেগে ওঠে। ফলে তারা ১০০৫ হিজরিতে (১৫৯৬ খ্রিষ্টাব্দে) সংঘটিত কিরজিত যুদ্ধে হাঙ্গেরি ও অস্ট্রিয়াকে পরাজিত করতে সক্ষম হয়।

কিরজিত যুদ্ধে একদল উসমানি সৈন্য দৃঢ় অবস্থান না নিয়ে পলায়ন করে। এ সকল পলায়নকারীদেরকে আনাতোলিয়ায় নির্বাসিত করা হয় এবং তাদেরকে ফেরারি নামকরণ করা হয়। এ উপাধিটি অপমান ও যন্ত্রণার নির্দেশক ছিল। যেন অন্য সৈন্যদের জন্য তা একপ্রকার শিক্ষা হতে পারে।

ফেরারিরা আনাতোলিয়ায় থাকাকালে কুরাহ ইয়াজেজি নামক জনৈক কমান্ডার দাবি করল যে, সে স্বপ্নে দেখেছে, রাসুলুল্লাহ সাল্লাল্লাহু আলাইহি ওয়াসাল্লাম তাকে সুসংবাদ দিচ্ছেন, সে উসমানিদের ওপর বিজয়ী হবে। অতঃপর সে গাজিয়ান্তেপ শহর দখল করে। কিন্তু উসমানিরা তাকে অবরুদ্ধ করলে আমসিয়ার গভর্নর নিযুক্ত করার শর্তে সে গাজিয়ান্তেপ হস্তান্তরে রাজি হয়। উসমানিরা তার শর্তে সম্মত হয়। উসমানিরা এ অঞ্চল ত্যাগ করার কিছুদিন পর সে বিদ্রোহ করে বসে। উসমানিরা পুনরায় ফিরে এসে কুরাহ ইয়াজেজিকে পরাস্ত করে। এ যাত্রায় তার ভাই ইরাকের গভর্নর আলি হাসান তাকে সাহায্য করেছিল। যুদ্ধে আঘাতপ্রাপ্ত হয়ে সে মৃত্যুবরণ করে।

এ গোষ্ঠীটি ইতিপূর্বেও বিদ্রোহ করেছিল। সে সময় তারা ব্যাপক ক্ষয়ক্ষতির সম্মুখীন হয়। পুনরায় তারা খলিফার নিকট ক্ষতিপূরণ দাবি করে বিদ্রোহ ঘোষণা করে। উসমানি বাহিনী তাদের ওপর চড়াও হয়ে তাদের বিদ্রোহ দমন করে।

খলিফা তৃতীয় মুহাম্মাদ ১০১২ হিজরিতে (১৬০৩ খ্রিষ্টাব্দে) মৃত্যুবরণ করেন। অতঃপর তার পুত্র প্রথম আহমাদ খলিফা নিযুক্ত হন।