বিভিন্ন ঘটনার প্রেক্ষিতে ইংরেজরা বারবার আফগানিস্তানের অভ্যন্তরীণ বিষয়ে নাক গলাচ্ছিল। যেমন হিন্দুস্তানে আক্রমণকারী আফগান গোত্রগুলোকে দমন করতে গিয়ে কিংবা আফগানে রুশ আগ্রাসন ঠেকাতে গিয়ে ইংরেজরা বারবার আফগানে প্রবেশ করছিল। এজন্য শের আলি মনে করলেন ইংরেজ ঠেকাতে রুশদের সাথে মিত্রতা করা উচিত। তাই তিনি রুশদের স্বাগত জানান, আর বিতাড়িত করেন ইংরেজদের। ফলত ইংরেজরাও চূড়ান্ত আক্রমণে যায়। ১২৯৫ হিজরিতে (১৮৭৮ খ্রিষ্টাব্দে) তারা আফগানিস্তান দখল করে নেয়। এর পরের বছর শের আলি মৃত্যুবরণ করেন।

পিতার মৃত্যুর পর ক্ষমতায় আরোহণ করেন ইয়াকুব। সে সময় দেশে মূলত ইংরেজ শাসন চলছিল। তাই ইয়াকুবের ইচ্ছা ছিল ইংরেজদের সাথে তাল দিয়ে চলার। কিন্তু আফগান জনগণ তার মনোভাব প্রত্যাখ্যান করে। তিন বছর ক্ষমতায় থাকার পর ইয়াকুব পদত্যাগে বাধ্য হন। কারণ, সে সময় আফগান-ইংরেজ বিরোধ তুঙ্গে। আফগানিরা কাবুলে এক ইংরেজ পদস্থ অফিসারের ওপর হামলা করে এবং তাকে টুকরো টুকরো করে ফেলে। সারা দেশেই ইংরেজদের বিরুদ্ধে প্রতিরোধ তীব্র আকার ধারণ করে। ফলে ইংরেজরা আফগান ত্যাগ করতে বাধ্য হয়। আফগানদের সাথে সন্ধিতে আবদ্ধ হয় ইংরেজ শাসকরা। চুক্তি অনুযায়ী আফগানের স্বাধীনতার স্বীকৃতি দেওয়া হয়। তবে পররাষ্ট্র বিষয়ক সিদ্ধান্ত ইংরেজদের হাতে থাকে।

ইংরেজদের দেশত্যাগের পর তিনি ক্ষমতায় বসেন। আবদুর রহমান হলেন দোস্ত মুহাম্মাদের এক পুত্র আফজালের সন্তান। তার শাসনকালে তথা ১৩০২ হিজরিতে (১৮৮৪ খ্রিষ্টাব্দে) রাশিয়া হেরাত দখল করার চেষ্টা করে। তখন ইংরেজরা দ্রুত তাদের গতিরোধ করে। ইংরেজ-রুশ সন্ধি হয়, যেটা পিটার্সবার্গ চুক্তি নামে ইতিহাসে প্রসিদ্ধ। চুক্তি অনুযায়ী ঠিক হয়, রাশিয়া খোরাসানের সীমানায় দখলি অঞ্চল তুর্কমেনিস্তান নিয়েই সন্তুষ্ট থাকবে এবং তা অতিক্রম করে আফগানের দিকে অগ্রসর হবে না। কিন্তু তারা কিছুদিন পরই চুক্তি ভঙ্গ করে ১৩১৩ হিজরিতে (১৮৯৫ খ্রিষ্টাব্দে) বাদাখশানে অভিযান চালায়। আবার ইংরেজদের সাথে সন্ধি হয়। তখন বাদাখশানকে আফগানের অংশ হিসেবে মেনে নেয় রাশিয়া। সে সময় আফগান ও রাশিয়ার সীমান্ত চিহ্নিত করে দেওয়া হয়।
শের আলির চাচাতো ভাই আইয়ুব, যিনি ইরানে পালিয়ে গিয়েছিলেন, তিনি সৈন্যসামন্ত জোগাড় করে আফগান আক্রমণের আয়োজন করেন। প্রাথমিক সফলতা হিসেবে তিনি কান্দাহারে প্রবেশ করেন। কিন্তু আবদুর রহমান তাকে পরাজিত করে পুনরায় ইরান থেকে বিতাড়িত করতে সক্ষম হন। একইভাবে আবদুর রহমানের চাচাতো ভাই ইসহাক খান, যিনি আফগানের উত্তরাঞ্চলীয় অধিপতি ছিলেন, তিনিও কাবুল দখল করার চেষ্টা করেন। কিন্তু আবদুর রহমান তাকেও পরাস্ত করেন। ইসহাক রুশ সহায়তায় পালিয়ে সমরকন্দ গিয়ে প্রাণ রক্ষা করেন। আবদুর রহমান ১৩১৯ হিজরিতে (১৯০১ খ্রিষ্টাব্দে) ইনতেকাল করেন।

আবদুর রহমানের মৃত্যুর পর তার পুত্র হাবিবুল্লাহ খান ক্ষমতা লাভ করেন। তার সময়ে ইংরেজদের তৎপরতা অনেক বৃদ্ধি পায়। তবে রাশিয়া ও ইংরেজ যৌথভাবে আফগানের স্বাধীনতার স্বীকৃতি দিতে বাধ্য হয়। কিছুদিন পর বেজে ওঠে প্রথম বিশ্বযুদ্ধের ডঙ্কা। উসমানিরা যুদ্ধে আফগানিদের পাশে পাওয়ার আগ্রহ প্রকাশ করে। কিন্তু হাবিবুল্লাহ খান উসমানিদের পাশে না দাঁড়িয়ে ইংরেজদের সহায়তা করেন। আফগান জনগণ এর প্রতিশোধ নিতে ১৩৩৮ হিজরিতে (১৯১৯ খ্রিষ্টাব্দে) হাবিবুল্লাহ খানকে হত্যা করে।