ইংরেজরা আফগান ত্যাগ করার মুহূর্তে মুহাম্মাদ জাই ও আকবর খান বিন দোস্ত মুহাম্মাদের নেতৃত্বে আফগানিরা তাদের ওপর আক্রমণ করে। ইংরেজ বাহিনীর যারা ছিল প্রায় সবাই নিশ্চিহ্ন হয়ে যায়। যুদ্ধে শুজাউল মুলক নিহত হয়। ইংরেজরা বাধ্য হয় দোস্ত মুহাম্মাদকে রাজত্ব ফিরিয়ে দিতে।

দীর্ঘ সময় ধরে ছড়িয়ে পড়া বিশৃঙ্খলা দমন করে দেশে শান্তি প্রতিষ্ঠা করাই ছিল দোস্ত মুহাম্মাদের প্রধান লক্ষ্য। এই লক্ষ্য বাস্তবায়নে তিনি তার ভাতৃবর্গ ও সন্তানদের রাজ্যের বিভিন্ন গুরুত্বপূর্ণ দায়িত্বে আসীন করেন। বহিঃরাষ্ট্রের সাথে সম্পর্ক স্বাভাবিক করতে ইংরেজ ও রুশদের দিকে সন্ধির হাত বাড়িয়ে দেন। তবে ইংরেজরা তার ওপর ক্ষিপ্ত ছিল। হিন্দুস্তানে ইংরেজবিরোধী বিভিন্ন তৎপরতা দমনে আফগানদের কোনো সহায়তা না পাওয়ার মূল কারণ ছিল। তাই ইংরেজরা আফগানে আগ্রাসনের প্রচেষ্টা চালায়। কিন্তু তারা তীব্র প্রতিরোধের মুখে পড়ে এবং আফগানিরা ইংরেজদের স্বপ্ন ধূলিসাৎ করে দেয়। তারা আফগানে প্রবেশ করতে ব্যর্থ হয়। দোস্ত মুহাম্মাদ ১২৮০ হিজরিতে (১৮৬৩ খ্রিষ্টাব্দে) ইনতেকাল করেন। তার উত্তরাধিকার লাভ করেন তার পুত্র শের আলি।

বিভিন্ন ঘটনার প্রেক্ষিতে ইংরেজরা বারবার আফগানিস্তানের অভ্যন্তরীণ বিষয়ে নাক গলাচ্ছিল। যেমন হিন্দুস্তানে আক্রমণকারী আফগান গোত্রগুলোকে দমন করতে গিয়ে কিংবা আফগানে রুশ আগ্রাসন ঠেকাতে গিয়ে ইংরেজরা বারবার আফগানে প্রবেশ করছিল। এজন্য শের আলি মনে করলেন ইংরেজ ঠেকাতে রুশদের সাথে মিত্রতা করা উচিত। তাই তিনি রুশদের স্বাগত জানান, আর বিতাড়িত করেন ইংরেজদের। ফলত ইংরেজরাও চূড়ান্ত আক্রমণে যায়। ১২৯৫ হিজরিতে (১৮৭৮ খ্রিষ্টাব্দে) তারা আফগানিস্তান দখল করে নেয়। এর পরের বছর শের আলি মৃত্যুবরণ করেন।

পিতার মৃত্যুর পর ক্ষমতায় আরোহণ করেন ইয়াকুব। সে সময় দেশে মূলত ইংরেজ শাসন চলছিল। তাই ইয়াকুবের ইচ্ছা ছিল ইংরেজদের সাথে তাল দিয়ে চলার। কিন্তু আফগান জনগণ তার মনোভাব প্রত্যাখ্যান করে। তিন বছর ক্ষমতায় থাকার পর ইয়াকুব পদত্যাগে বাধ্য হন। কারণ, সে সময় আফগান-ইংরেজ বিরোধ তুঙ্গে। আফগানিরা কাবুলে এক ইংরেজ পদস্থ অফিসারের ওপর হামলা করে এবং তাকে টুকরো টুকরো করে ফেলে। সারা দেশেই ইংরেজদের বিরুদ্ধে প্রতিরোধ তীব্র আকার ধারণ করে। ফলে ইংরেজরা আফগান ত্যাগ করতে বাধ্য হয়। আফগানদের সাথে সন্ধিতে আবদ্ধ হয় ইংরেজ শাসকরা। চুক্তি অনুযায়ী আফগানের স্বাধীনতার স্বীকৃতি দেওয়া হয়। তবে পররাষ্ট্র বিষয়ক সিদ্ধান্ত ইংরেজদের হাতে থাকে।

ইংরেজদের দেশত্যাগের পর তিনি ক্ষমতায় বসেন। আবদুর রহমান হলেন দোস্ত মুহাম্মাদের এক পুত্র আফজালের সন্তান। তার শাসনকালে তথা ১৩০২ হিজরিতে (১৮৮৪ খ্রিষ্টাব্দে) রাশিয়া হেরাত দখল করার চেষ্টা করে। তখন ইংরেজরা দ্রুত তাদের গতিরোধ করে। ইংরেজ-রুশ সন্ধি হয়, যেটা পিটার্সবার্গ চুক্তি নামে ইতিহাসে প্রসিদ্ধ। চুক্তি অনুযায়ী ঠিক হয়, রাশিয়া খোরাসানের সীমানায় দখলি অঞ্চল তুর্কমেনিস্তান নিয়েই সন্তুষ্ট থাকবে এবং তা অতিক্রম করে আফগানের দিকে অগ্রসর হবে না। কিন্তু তারা কিছুদিন পরই চুক্তি ভঙ্গ করে ১৩১৩ হিজরিতে (১৮৯৫ খ্রিষ্টাব্দে) বাদাখশানে অভিযান চালায়। আবার ইংরেজদের সাথে সন্ধি হয়। তখন বাদাখশানকে আফগানের অংশ হিসেবে মেনে নেয় রাশিয়া। সে সময় আফগান ও রাশিয়ার সীমান্ত চিহ্নিত করে দেওয়া হয়।
শের আলির চাচাতো ভাই আইয়ুব, যিনি ইরানে পালিয়ে গিয়েছিলেন, তিনি সৈন্যসামন্ত জোগাড় করে আফগান আক্রমণের আয়োজন করেন। প্রাথমিক সফলতা হিসেবে তিনি কান্দাহারে প্রবেশ করেন। কিন্তু আবদুর রহমান তাকে পরাজিত করে পুনরায় ইরান থেকে বিতাড়িত করতে সক্ষম হন। একইভাবে আবদুর রহমানের চাচাতো ভাই ইসহাক খান, যিনি আফগানের উত্তরাঞ্চলীয় অধিপতি ছিলেন, তিনিও কাবুল দখল করার চেষ্টা করেন। কিন্তু আবদুর রহমান তাকেও পরাস্ত করেন। ইসহাক রুশ সহায়তায় পালিয়ে সমরকন্দ গিয়ে প্রাণ রক্ষা করেন। আবদুর রহমান ১৩১৯ হিজরিতে (১৯০১ খ্রিষ্টাব্দে) ইনতেকাল করেন।