তৈমুর শাহ ও তার ভাই সুলাইমানের মাঝে ক্ষমতার দ্বন্দ্ব শুরু হয়। তৈমুর রাজধানী কান্দাহার দখল করতে সক্ষম হন। সুলাইমানকে হত্যা করেন এবং নিজের রাজধানী হিসেবে কাবুলকে নির্বাচন করেন। শিখরা মুলতান দখল করে নিয়েছিল। তৈমুর তাদের দমন করে ১১৯৬ হিজরিতে (১৭৮১ খ্রিষ্টাব্দে) মুলতান পুনরুদ্ধার করেন। তার সময়ে সিন্ধের শাসকরা স্বায়ত্তশাসন ভোগ করে। তিনি বুখারার শাসক মাসুমের সাথে লড়াই করে তাকে পরাস্ত করেন। কাশ্মীরে বিদ্রোহ দেখা দিলে সেটা দমন করতে সক্ষম হন। এদিকে ইংরেজরা প্রতিনিয়ত হিন্দুস্তানে শিখদেরকে তৈমুরের সাথে বিদ্রোহ করতে উদ্বুদ্ধ করে, আর ইরানে উদ্বুদ্ধ করে কাজারদের। ১২০৭ হিজরিতে (১৭৯২ খ্রিষ্টাব্দে) তার ইনতেকাল হয়। সিংহাসনে বসেন তার পুত্র জামান শাহ।

জামান শাহ তৈমুরের মৃত্যুর পর থেকে ১২১৫ হিজরি (১৮০০ খ্রিষ্টাব্দ) পর্যন্ত শাসনকার্য পরিচালনা করেন। ১২১৫ হিজরিতে তার ভাই মাহমুদ তাকে কারাবন্দি করে ক্ষমতা দখল করে নেন। কিন্তু অপর ভাই শুজাউল মুলক পেশোয়ার থেকে নিজেকে আফগানের শাসক ঘোষণা করেন। তারপর এসে কাবুল জয় করেন। মাহমুদকে হটিয়ে রাজধানী দখল করে নেন এবং কারাগার থেকে জামান শাহকে উদ্ধার করেন। জামান শাহ ততদিনে দৃষ্টিহীন হয়ে গেছেন। ১২২৪ হিজরিতে (১৮০৯ খ্রিষ্টাব্দে) মাহমুদ ক্ষমতায় প্রত্যাবর্তন করতে সক্ষম হন। মাহমুদ হত্যা করেন ফাতাহ খান নামের তার এক ভাইকে। মাহমুদের বিরুদ্ধে তখন যুদ্ধ ঘোষণা করেন দোস্ত মুহাম্মাদ নামে তাদের আরেক ভাই। দোস্ত মুহাম্মাদ কাবুল জয় করে নেন। আফগান গৃহযুদ্ধের সুযোগে শত্রুরা মাথাচাড়া দিয়ে ওঠে। ইরানিরা হেরাত দখল করে নেয় এবং শিখরা হিন্দুস্তানের অঞ্চলগুলো দখল করে নেয়। শুজাউল মুলক ইংরেজদের সাহায্য কামনা করেন। ইংরেজরা প্রবল শক্তিতে কাবুলের ওপর ঝাঁপিয়ে পড়ে। ১২৫৫ হিজরিতে (১৮৩৯ খ্রিষ্টাব্দে) কাবুল দখল করে শুজাউল মুলককে ক্ষমতায় বসায় ইংরেজরা। দোস্ত মুহাম্মাদ ইংরেজের কাছে আত্মসমর্পণ করে। তাকে বাংলা অঞ্চলে নির্বাসিত করা হয়।

ইংরেজরা আফগান ত্যাগ করার মুহূর্তে মুহাম্মাদ জাই ও আকবর খান বিন দোস্ত মুহাম্মাদের নেতৃত্বে আফগানিরা তাদের ওপর আক্রমণ করে। ইংরেজ বাহিনীর যারা ছিল প্রায় সবাই নিশ্চিহ্ন হয়ে যায়। যুদ্ধে শুজাউল মুলক নিহত হয়। ইংরেজরা বাধ্য হয় দোস্ত মুহাম্মাদকে রাজত্ব ফিরিয়ে দিতে।

দীর্ঘ সময় ধরে ছড়িয়ে পড়া বিশৃঙ্খলা দমন করে দেশে শান্তি প্রতিষ্ঠা করাই ছিল দোস্ত মুহাম্মাদের প্রধান লক্ষ্য। এই লক্ষ্য বাস্তবায়নে তিনি তার ভাতৃবর্গ ও সন্তানদের রাজ্যের বিভিন্ন গুরুত্বপূর্ণ দায়িত্বে আসীন করেন। বহিঃরাষ্ট্রের সাথে সম্পর্ক স্বাভাবিক করতে ইংরেজ ও রুশদের দিকে সন্ধির হাত বাড়িয়ে দেন। তবে ইংরেজরা তার ওপর ক্ষিপ্ত ছিল। হিন্দুস্তানে ইংরেজবিরোধী বিভিন্ন তৎপরতা দমনে আফগানদের কোনো সহায়তা না পাওয়ার মূল কারণ ছিল। তাই ইংরেজরা আফগানে আগ্রাসনের প্রচেষ্টা চালায়। কিন্তু তারা তীব্র প্রতিরোধের মুখে পড়ে এবং আফগানিরা ইংরেজদের স্বপ্ন ধূলিসাৎ করে দেয়। তারা আফগানে প্রবেশ করতে ব্যর্থ হয়। দোস্ত মুহাম্মাদ ১২৮০ হিজরিতে (১৮৬৩ খ্রিষ্টাব্দে) ইনতেকাল করেন। তার উত্তরাধিকার লাভ করেন তার পুত্র শের আলি।

বিভিন্ন ঘটনার প্রেক্ষিতে ইংরেজরা বারবার আফগানিস্তানের অভ্যন্তরীণ বিষয়ে নাক গলাচ্ছিল। যেমন হিন্দুস্তানে আক্রমণকারী আফগান গোত্রগুলোকে দমন করতে গিয়ে কিংবা আফগানে রুশ আগ্রাসন ঠেকাতে গিয়ে ইংরেজরা বারবার আফগানে প্রবেশ করছিল। এজন্য শের আলি মনে করলেন ইংরেজ ঠেকাতে রুশদের সাথে মিত্রতা করা উচিত। তাই তিনি রুশদের স্বাগত জানান, আর বিতাড়িত করেন ইংরেজদের। ফলত ইংরেজরাও চূড়ান্ত আক্রমণে যায়। ১২৯৫ হিজরিতে (১৮৭৮ খ্রিষ্টাব্দে) তারা আফগানিস্তান দখল করে নেয়। এর পরের বছর শের আলি মৃত্যুবরণ করেন।