পশ্চিম তুর্কিস্তানে গুরুত্বপূর্ণ কয়েকটি রাজ্য গড়ে উঠেছিল। যথা:

মাঙ্গিত গোষ্ঠী বুখারা শাসন করে। এই গোষ্ঠীর আবদুর রহিম নামক ব্যক্তি জানিয়িনদের সময়ে বুখারার শাসকপদ লাভ করেন। এরপর তার বংশের মির মাসুম শাহ বিয়ে করেন জানিয়া বংশের শেষ সুলতান আবুল গাজির কন্যাকে। এরপর ১২০০ হিজরিতে (১৭৮৫ খ্রিষ্টাব্দে) বুখারার শাসনক্ষমতা তার অধিকারে আসে। মির মাসুম আফগান অঞ্চলে জানিয়িনদের হারানো অঞ্চলসমূহ পুনরুদ্ধারের চেষ্টা চালিয়ে ব্যর্থ হন। চতুর্দশ হিজরি শতাব্দীর প্রারম্ভকালে বুখারা রাজ্য দুর্বল হয়ে পড়ে। ১২৮২-১২৮৯ হিজরি (১৮৬৫-১৮৭২ খ্রিষ্টাব্দ) পর্যন্ত সময়ের মাঝে রুশরা বারবার বুখারায় অভিযান চালায়। ১৩২৮ হিজরিতে (১৯১০ খ্রিষ্টাব্দে) বুখারায় সাইয়িদ মিরের শাসনকালে রুশ বাহিনী তাতে আগ্রাসন চালায়। এরপর প্রথম বিশ্বযুদ্ধ শুরু হয়ে যায়। রুশ বাহিনী যুদ্ধে ব্যস্ত হয়ে গেলে বুখারায় তাদের সৈন্যবল কমে যায়। সে সুযোগে সাইয়িদ মির বুখারা রাজ্য স্বাধীন করতে সক্ষম হন। কিন্তু কম্যুনিস্ট বিপ্লবের পর ১৩৩৮ হিজরিতে (১৯২০ খ্রিষ্টাব্দে) বুখারার পতন হয়। ইসলামের প্রাচীনতম শহরটিতে কম্যুনিস্ট লাল পতাকা উড্ডীন হয়।

ইতিপূর্বে গত হয়েছে, খোয়ারিজম ছিল উত্তর মোঙ্গল সাম্রাজ্য তথা গোল্ডেন হোর্ডের অনুগত একটি প্রদেশ। তৈমুর লং এটি জয় করেন। তার মৃত্যুর পর সাম্রাজ্য ভেঙে গেলে খোয়ারিজমে শাইবানিদের কর্তৃত্ব প্রতিষ্ঠিত হয়। ৯২১ হিজরি (১৫১৫ খ্রিষ্টাব্দ) থেকে সেখানে শাইবানিদের শাসন চলে। একাধিকবার বুখারার শাসকদের সাথে তাদের লড়াই হয়। ১২১৯ হিজরি (১৮০৪ খ্রিষ্টাব্দ) পর্যন্ত এখানে তাদের শাসন টিকে ছিল। মাঝে ১১৫৩ হিজরিতে (১৭৪০ খ্রিষ্টাব্দে) নাদির খানের হাতে রাজ্যের পতন হয়। তবে কিছুদিন পরই আবার রাজত্ব ফিরে পায় তারা। তখন থেকে ১২১৯ হিজরি (১৮০৪ খ্রিষ্টাব্দ) পর্যন্ত টানা শাসন করে। এরপর দীর্ঘদিন নানা প্রশাসকের হাতে দেশের শাসনভার ছিল। ১২৯০ হিজরিতে (১৮৭৩ খ্রিস্টাব্দে) তৎকালীন আমির মুহম্মদ সাঈদ আহমাদ খান রুশদের আনুগত্য ঘোষণা করেন। কিন্তু তাদের দাবি অনুযায়ী তখনও তারা স্বাধীন ছিল। যাই হোক, ১৩৩৩ হিজরিতে (১৯১৫ খ্রিস্টাব্দে) সোভিয়েত বিপ্লবের সময় রুশ কর্তৃত্ব সাময়িক ভাটা পড়ে। কিন্তু এক বছরের মাথায়ই ১৩৩৪ হিজরিতে (১৯১৬ খ্রিস্টাব্দে) কমিউনিস্টরা খোয়ারিজম দখল করে নেয়।

১১২২ হিজরিতে (১৬০০ খ্রিস্টাব্দে) ফারগানা রাজ্য স্বাধীনতা ঘোষণা করে। ভারতে মোঘল সাম্রাজ্যের প্রতিষ্ঠাতা বাবরের উত্তরসূরিদের একটি ধারা এই রাজ্যের শাসনভার গ্রহণ করে। ১২৯৫ হিজরিতে (১৮০০ খ্রিস্টাব্দে) ফারগানার শাসক আলম খান তাসখন্দকে স্বীয় অঞ্চলের অধীনে আনতে সক্ষম হন। বুখারা ও ফারগানার মাঝে বেশ কয়েকবার যুদ্ধ হয়। ১২৬৬-১২৬৫ হিজরির (১৮৪৯-১৮৫০ খ্রিস্টাব্দের) দিকে বুখারার সেনারা ফারগানা দখল করে নেয়। কিন্তু এই দখলদারি স্থায়ী হয়নি। এরপর ১২৮৩ হিজরিতে (১৮৭৬ খ্রিস্টাব্দে) রুশদের হাতে পতনের আগ পর্যন্ত এটি স্বাধীন রাজ্য হিসেবে টিকে থাকে।