ওগেদাইয়ের পৌত্র কেদু ক্ষমতা লাভ করেন তার পিতা কাশিনের মৃত্যুর পর। কেদু ছিল মুসলিমদের প্রতি বন্ধুভাবাপন্ন। এজন্য বারকে খান ও সুলতান বাইবার্সের সাথেও তার ছিল উষ্ণ সম্পর্ক। চাগতাই পরিবারের বুরাক খানের সাথে কেদুর লড়াই সংঘটিত হয়। এই যুদ্ধে পরাজিত হন কেদু। এই পরাজয়ের পর থেকেই কার্যত এই অঞ্চলে চাগতাইদের নিয়ন্ত্রণ চলতে থাকে। ৭০৪ হিজরিতে (১৩০৪ খ্রিষ্টাব্দে) কেদুর মৃত্যুর পর সবাই মিলে তার পুত্র শাবারকে ক্ষমতায় বসায়। এরপর ওগেদাই পরিবার ও চাগতাইদের মধ্যে নতুন করে সংঘর্ষ শুরু হয়। অবশেষে চাগতাইদের বিজয়ের মাধ্যমে সমাপ্ত হয় লড়াই। চাগতাইদের নেতা ছিলেন দোদা খান। পূর্ব পশ্চিম তথা সমগ্র তুর্কিস্তান ও ওগেদাইদের সম্পূর্ণ এলাকা তার করতলগত হয়। এরপর এই অঞ্চলে চাগতাইদের শাসন প্রতিষ্ঠিত হলেও বিভিন্ন সময়ে ওগেদাই পরিবারের লোকেরাও শাসনকার্যে অংশগ্রহণ করে।

৭৪১ হিজরিতে (১৩৪১ খ্রিষ্টাব্দে) শাসন করেন আলি খান নামের ওগেদাই বংশের একজন। চাগতাই শাসক তারমাশিরিন (৭২২-৭৩৫ হিজরি/১৩২২-১৩৩৫ খ্রিষ্টাব্দ)-এর আমলে এই অঞ্চলে ইসলাম বিস্তৃতি লাভ করে। তারমাশিরিন নিজে ইসলাম গ্রহণ করেন এবং তার অনুগামী চাগতাই বংশীয় বহু মোঙ্গলও ইসলাম গ্রহণ করে।

আলি খানের পর আরেকজন ওগেদাই বংশধর এই অঞ্চল শাসন করেন, যার নাম দানিশমান্দজা। তৈমুর লং এই অঞ্চল দখলের পর দানিশমান্দজার পুত্র সিওর্গতামশারকে আঞ্চলিক শাসকের পদ দিয়েছিলেন। তারপর তার ছেলে মাহমুদও সেই পদে অধিষ্ঠিত হন। তবে ক্ষমতার চাবিকাঠি মূলত তৈমুরের হাতেই ছিল। তৈমুরের মৃত্যুর পর তার সাম্রাজ্য টুকরো টুকরো হয়ে যায়।

চীনে মিং রাজবংশের শাসন শুরু হলে তারা কুবলাইয়ের উত্তরসূরিদের তাড়িয়ে দিতে থাকে। তাড়া খাওয়া তাতাররা কারাকোরামে আশ্রয় নেয়। কিন্তু মিং বাহিনী এখানেও তাদের পরাস্ত করে এবং তাদের ইচ্ছেমতো অধিপতি নির্ধারণ করে দেয়। পূর্ব তুর্কিস্তান সে সময় ভেঙে যায়। বেশ কয়েকটি ক্ষুদ্র রাজ্যের উপস্থিতিতে টিকে ছিল এ অঞ্চল; যেমন কাশগর, আকসু। মঙ্গোলিয়া, পূর্ব তুর্কিস্তান, কানসু ইত্যাদি অঞ্চল তখন মিং বংশের অধীনতা স্বীকার করে শাসিত হতে থাকে।

কুবলাই পরিবারের শাসন (৬৭৫-৭৬৯ হি./১২৭৬-১৩৬৮ খ্রি.)

কুবলাই খান খানে-আজম পদ লাভ করে রাজধানী স্থানান্তর করেন বেইজিংয়ে। তখন পর্যন্ত কেবল চীনের উত্তরাঞ্চলই ছিল মোঙ্গলদের শাসনাধীন। কুবলাই এসে ৬৭৯ হিজরির (১২৮০ খ্রিষ্টাব্দের) দিকে দক্ষিণ চীনকেও সাম্রাজ্যের অন্তর্ভুক্ত করেন। কুবলাইয়ের হাতে এক বিশাল সাম্রাজ্য স্থাপিত হয়। ৭৭1 হিজরি পর্যন্ত চীনা সাম্রাজ্য কুবলাইদের দখলে ছিল। সাম্রাজ্যের শেষ পুরুষ হলেন তোগান তৈমুর। এই বংশের শাসকরা ছিল বেশ ফুর্তিবাজ ও বিলাসী।

চীনে ইসলাম আগমন করে মহান সাহাবি ও তৃতীয় খলিফা উসমান রা.-এর শাসনকালে। মুসলিম ব্যবসায়ী ও দাঈদের মাধ্যমে এ অঞ্চলে ইসলামের প্রবেশ ঘটে। উমাইয়া শাসনামলে ইসলাম প্রচারের উদ্দেশ্যে চীনে দাঈদের আগমন বৃদ্ধি পায়। সে সময় আনুমানিক ১৬টি দাওয়াতি কাফেলা চীনে এসেছিল ইসলাম প্রচারের উদ্দেশ্যে। আব্বাসি আমলে আসে আনুমানিক ১২টি দল। তবে চীনে ইসলাম প্রচার-প্রসারের মূল সময়টা ছিল কুবলাই বংশের মোঙ্গলীয় শাসনামল। এ পরিবারের শাসকগণ ইসলাম গ্রহণকারী মোঙ্গলদের ওপর বেশ ভরসা করত। তাই অনেক সময় মুসলিম অঞ্চল থেকে সৈনিক ও বড় কর্মকর্তা চীনে আগমন করেছিল কুবলাইদের প্রয়োজনে। তুর্কিস্তান ও মাওয়ারাউন নাহারের বিপুল মুসলিম সৈন্য চীনে আগমন করে। কোনো সময়ে ১২টি প্রদেশে সৃষ্ট চীনা সাম্রাজ্যের ৪টি প্রদেশেরই প্রশাসক ছিল মুসলিমরা। মোঙ্গল সাম্রাজ্যে মুসলিম প্রভাবশালী ব্যক্তিদের মাঝে প্রসিদ্ধ একজন হলেন শামসুদ্দিন উমর। তিনি সাধারণ একজন সেনা অফিসার হিসেবে যোগদান করে পর্যায়ক্রমে থাইউয়েন শহরের সামরিক শাসক, বিনয়াং শহরের প্রশাসক, বেইজিংয়ের বিচারপতি ও পরবর্তীকালে তার শাসক, সাম্রাজ্যের রাজনৈতিক উপদেষ্টা, একপর্যায়ে সিচুয়ান, ইউনান প্রদেশের শাসকে পরিণত হন। তিনি বিপুল পরিমাণ মসজিদ-মাদরাসা প্রতিষ্ঠা করেন। সম্ভবত চীনে টিকে থাকা অধিকাংশ প্রাচীন মসজিদ মোগল আমলেরই তৈরি। চীনে সে সময় মুসলমানদের বেশ কদর ছিল। জাগতিক, বুদ্ধিবৃত্তিক, সভ্যতা-সাংস্কৃতিক সকল ক্ষেত্রেই তাদের ছিল অনন্য ভূমিকা। ব্যক্তিত্ব ও বৈশিষ্ট্যগুলোর ফলে সর্বাবস্থায়ই তারা উচ্চ সব পদে অধিষ্ঠিত।