আইনে জালুতের যুদ্ধ চলাকালে সুলতান কুতুজের ঘোড়াটি প্রতিপক্ষের নিক্ষিপ্ত তিরের আঘাতে মারা যায়। তিনি তৎক্ষণাৎ অতিরিক্ত ঘোড়ার দায়িত্বশীল কাউকে না পেয়ে পদব্রজেই যুদ্ধ করতে থাকেন। তার চারপাশে তখন প্রচণ্ড যুদ্ধ চলছিল। মুসলিম সুলতান হিসেবে তিনি যুদ্ধের একেবারে কেন্দ্রে অবস্থান করছিলেন।
জনৈক মুসলিম সেনাপতি সুলতানকে পদব্রজে লড়াইরত দেখতে পেয়ে নিজ ঘোড়া থেকে নেমে পড়েন এবং আল্লাহর শপথ দিয়ে সুলতানকে তার অশ্বপৃষ্ঠে আরোহণের অনুরোধ করেন। কিন্তু সুলতান কুতুজ তাকে বাধা দিয়ে বলেন, 'আমি মুসলমানদেরকে তোমার কল্যাণ-অবদান থেকে বঞ্চিত করতে পারি না।' এরপর তিনি পদব্রজেই লড়াই করতে থাকেন। কিছুক্ষণ পর দায়িত্বশীলগণ অতিরিক্ত ঘোড়া নিয়ে এলে তিনি তাতে আরোহণ করেন।
পরবর্তী সময়ে জনৈক প্রশাসক তাকে বলেন, 'সুলতান, আপনি অমুকের ঘোড়ায় কেন আরোহণ করলেন না? শত্রুরা আপনাকে অশ্বহীন অবস্থায় লক্ষ করলে তো আপনাকে হত্যা করে ফেলত আর আপনার অবর্তমানে ইসলাম ধ্বংস ও নিশ্চিহ্ন হয়ে যেত।' তখন তিনি উত্তর দেন, 'আমাকে হত্যা করা হলে তো আমি জান্নাতে চলে যেতাম। আর ইসলামের কথা বলছ?! ইসলামের এক মহান রব আছেন; যিনি ইসলামকে কখনো নিশ্চিহ্ন হতে দেবেন না। ইসলামি ইতিহাসে কত-শত মহান ব্যক্তি নিহত হয়েছেন; অমুক, অমুক শাসক শহিদ হয়েছেন; কিন্তু তাদের অবর্তমানে আল্লাহ তাআলা এমন সব ব্যক্তিকে দাঁড় করিয়ে দিয়েছেন, যারা ইসলামের প্রতিরক্ষায় কাজ করেছেন এবং ইসলামকে নিশ্চিহ্ন হতে দেননি।'
আইনে জালুতে তাতার বাহিনীর পরাজয়ের সংবাদ দামেশকে পৌঁছলে সেখানে অবস্থানরত তাতাররা পালিয়ে যায়। দামেশকের মুসলিম অধিবাসীগণ তাদের পিছু নিয়ে তাদেরকে হত্যা করে এবং তাদের হাতে বন্দি মুসলমানদের মুক্ত করে। এই আকস্মিক পট পরিবর্তনে তাতারদের সহায়তাকারী খ্রিষ্টানরা হতবুদ্ধি হয়ে পড়ে। খ্রিষ্টানরা যে গির্জা থেকে ক্রুশ বের করে সড়কে সড়কে প্রদক্ষিণ করত, মুসলমানরা আক্রমণ চালিয়ে সে গির্জায় আগুন লাগিয়ে দেয়। যেসব খ্রিষ্টান মুসলমানদেরকে ক্রুশের সম্মানে দাঁড়িয়ে থাকতে বাধ্য করত, মুসলমানরা তাদের বাড়িঘরও জ্বালিয়ে দেয়। জনৈক শিয়া রাফিজি মুসলমানদের সম্পদ আত্মসাৎ করতে তাতারদের সহায়তা করেছিল। বিক্ষুব্ধ মুসলমানরা তাকে হত্যা করে।
সেনাপতি রুকনুদ্দিন বাইবার্স শামের অধিকাংশ এলাকা আইয়ুবি পরিবারের হাত থেকে কেড়ে নিয়ে মামলুক রাষ্ট্রের অন্তর্ভুক্ত করতে সক্ষম হন। রুকনুদ্দিনের সাফল্যে খুশি হয়ে সুলতান কুতুজ তাকে আলেপ্পোর প্রশাসক নিযুক্ত করার প্রতিশ্রুতি দেন। কিন্তু তিনি তার প্রতিশ্রুতি রক্ষায় সক্ষম হননি। মিশরে ফেরার পর বাইবার্স তাকে হত্যা করে মিশরের দায়িত্ব গ্রহণ করেন।
রুকনুদ্দিন বাইবার্সের দায়িত্বগ্রহণের মধ্য দিয়েই মূলত বাহরি মামলুক রাষ্ট্রের প্রকৃত শাসনব্যবস্থার সূচনা হয়।

প্রতিষ্ঠাকালীন সংগ্রাম-পরবর্তী সময়ের প্রথম শাসক হিসেবে রুকনুদ্দিন বাইবার্সকেই বাহরি মামলুক রাষ্ট্রের প্রথম সুলতান বিবেচনা করা হয়।
দায়িত্ব গ্রহণের পরই তিনি সাম্রাজ্যের শাসনব্যবস্থা সুবিন্যস্তকরণ, সেনাবাহিনীর সংস্কার ও নৌবহর নির্মাণে কাজ শুরু করেন। এরপর তিনি শামের নিরাপত্তাব্যবস্থা দৃঢ়করণে মনোযোগ দেন এবং দামেশক ও কায়রোর মাঝে ডাকবাহী কবুতরবিশিষ্ট দ্রুতগামী ডাকব্যবস্থার প্রচলন করেন। সুলতান বাইবার্স সালাহুদ্দিন আইয়ুবির ন্যায় ইসলামের সেবা করার এবং ক্রুসেডারদের দখলে থাকা শামের অবশিষ্ট অঞ্চল থেকেও তাদেরকে উচ্ছেদ করার আকাঙ্ক্ষা লালন করতেন। ইসলামের সেবার জন্য আরও মজবুত নেতৃত্ব অর্জনের লক্ষ্যে তিনি তাতারদের আগ্রাসনের পর বাগদাদ থেকে পালিয়ে বেড়ানো জনৈক আব্বাসি রাজপুত্রকে মিশরে নিয়ে আসেন এবং তার হাতে খিলাফতের বায়আত গ্রহণ করে খিলাফতব্যবস্থা পুনরুজ্জীবিত করেন। এর মাধ্যমে শুরু হয় মিশরকেন্দ্রিক আব্বাসি খিলাফতব্যবস্থা। নতুন এই খলিফার নাম (২য় মুসতানসির বিল্লাহ) আবুল কাসিম আহমাদ।
কিছুদিন পর খলিফা ২য় মুসতানসির বিল্লাহ তাতারদের হাত থেকে বাগদাদ পুনরুদ্ধারের লক্ষ্যে তাদের বিরুদ্ধে লড়াইয়ে অবতীর্ণ হয়ে নিহত হন। এরপর আরেক আব্বাসি যুবরাজ হাকিম বি আমরিল্লাহ আবুল আব্বাস আহমাদের হাতে বায়আত গ্রহণ করা হয়। মিশরের পরবর্তী আব্বাসি খলিফাগণ ছিলেন এই হাকিম বি আমরিল্লাহরই বংশধর। এরপর দীর্ঘদিন আব্বাসি খিলাফত চলার পর কালের পরিক্রমায় উসমানিরা তাদের স্থলাভিষিক্ত হয়।

আইনে জালুতের যুদ্ধে পরাজয়ের পর তাতারদের মাঝে অন্তর্বিরোধ শুরু হয়। হালাকু খানের সেনাপতিরা বিভিন্ন যুদ্ধে অর্জিত সম্পদ ও ভূখণ্ডে নিজেদের অংশ দাবি করে। ৬৬০ হিজরি সনে হালাকু খান ও তার চাচাতো ভাই বার্কে খানের মধ্যে বিরোধ শুরু হলে এই সংঘাত চরমে পৌঁছায়। বার্কে খান মুসলমানদের প্রতি অনুরক্ত ছিলেন। তিনি প্রকাশ্যে ইসলাম গ্রহণ করে সুলতান আয-যাহির বাইবার্সকে নিম্নোক্ত বার্তা প্রেরণ করেন—
আপনি ইসলামের প্রতি আমার ভালোবাসার কথা জানেন আর হালাকু খান মুসলমানদের প্রতি কী অন্যায় আচরণ করেছে— তা-ও জানেন। তাই আপনি এক প্রান্ত হতে অগ্রসর হোন আর আমি আরেক প্রান্ত হতে; দুজন মিলে তাকে পরাজিত কিংবা রাজ্যছাড়া করব। তার হাত থেকে আমরা যে ভূখণ্ড জয় করতে পারব, তার দায়িত্ব ও কর্তৃত্ব আপনার।
বার্কে খানের প্রস্তাব সুলতান বাইবার্সকে মুগ্ধ করে। তাতারদের মোকাবিলায় আল্লাহ তাআলা তার জন্য এক অপ্রত্যাশিত পথ উন্মুক্ত করে দিয়েছেন এবং তাতারদের পারস্পরিক বিরোধে জড়িয়ে দিয়েছেন।
কিছুদিন পরই হালাকু খান ও বার্কে খানের মধ্যে এক তুমুল যুদ্ধ সংঘটিত হয়। যুদ্ধে হালাকু খান পরাজিত হন এবং কোনোমতে অবশিষ্ট সীমিত সংখ্যক সৈন্য নিয়ে যুদ্ধক্ষেত্র থেকে পলায়ন করেন।
এরপর বার্কে খান কনস্টান্টিনোপলে অভিযান পরিচালনা করেন। এ সময় কোণঠাসা কনস্টান্টিনোপলের শাসক বার্কে খানের সঙ্গে সন্ধিচুক্তি করে। সংবাদ পেয়ে সুলতান রুকনুদ্দিন বাইবার্স বার্কে খানের কাছে বহুমূল্য প্রচুর উপহারসামগ্রী প্রেরণ করেন।
এরপর তাতারদের একটি প্রতিনিধিদল বাইবার্সের সঙ্গে সাক্ষাৎ করে নিরাপত্তাপ্রার্থনা করে। তিনি তাদের নিরাপত্তা প্রদান করেন এবং তাদের উষ্ণ আপ্যায়নের পাশাপাশি বিশাল জায়গির প্রদান করেন।
৬৬৩ হিজরি সনে (১২৬৫ খ্রিষ্টাব্দে) মৃগিরোগে আক্রান্ত হয়ে হালাকু খানের মৃত্যু হয়। তাকে উর্মিয়া হ্রদের শাহি দ্বীপে (Shahi Island) সমাহিত করা হয়।
হালাকু খানের মৃত্যুর পর তার পুত্র আবাগা খান তাতারদের শাসনভার গ্রহণ করেন। আবাগা খান ছিলেন হালাকু খানের দশ পুত্রের একজন। বার্কে খান আবাগা খানের দায়িত্বভার গ্রহণের কথা জানতে পেরে তার বিরুদ্ধে অভিযান পরিচালনা করেন এবং তাকে পরাজিত করে তার বাহিনীকে ছত্রভঙ্গ করে দেন।

বার্কে খান (বিন জোচি খান বিন চেঙ্গিস খান) ইসলাম ও উলামায়ে কেরামের প্রতি অনুরাগী ছিলেন। সুলতান আয-যাহির বাইবার্স তার সঙ্গে সদুপদেশ বিনিময় করতেন এবং তার প্রেরিত দূতদের যথেষ্ট সম্মান করতেন। ৬৬৫ হিজরি সনে (১২৬৬ খ্রিষ্টাব্দে) বার্কে খানের মৃত্যু হয়।
বার্কে খানের ইন্তেকালের পর মানকুতামুর বিন তোগান বিন বাতু বিন জোচি খান বিন চেঙ্গিস খান নামক জনৈক তাতার তার স্থলাভিষিক্ত হন। মানকুতামুর-ও মুসলিম ছিলেন। তিনি রাষ্ট্র পরিচালনায় বার্কে খানের আদর্শ অনুসরণ করেন।