এর জবাবে আল্লাহ্ তা'আলা সূরা আলে-ইমরানের প্রথম থেকে আশি আয়াতেরও ধিক আয়াত নাযিল করেন। সূরার শুরুতেই তিনি তাদের মিথ্যা ধারণা থেকে নিজের পবিত্রতা ঘোষণা করেছেন। বিশ্বের সৃষ্টি ও পরিচালনা উভয় ক্ষেত্রেই তিনি নিজের একক কর্তৃত্বের কথা ঘোষণা করেছেন। খ্রিস্টানরা এক্ষেত্রে আল্লাহর যে শরীক নির্ধারণ করেছে, এ দ্বারা তার প্রতিবাদ করা হয়েছে। আল্লাহ্ নিজেকে চিরঞ্জীব ও চিরস্থায়ী বলে ঘোষণা করেছেন। অথচ ঈসা মরণশীল ও স্থিতিহীন; অথচ তাদের বিশ্বাস অনুযায়ী তাঁকে ক্রুশবিদ্ধ করে হত্যা করা হয়েছে। আল্লাহ্ এ সূরায় আরো বলেন: "তিনি সত্যসহ আপনার প্রতি কিতাব নাযিল করেছেন।” অর্থাৎ তারা যে বিষয়ে মতভেদ করছে, তার মীমাংসা তিনি এ কিতাবে করেছেন। তারপর তিনি বলেন: "এবং তিনি তাওরাত ও ইনজীল নাযিল করেছেন।” অর্থাৎ মূসার উপর তাওরাত এবং ঈসার উপর ইনজীল, যেমন অন্যান্য কিতাব পূর্বেকার অন্যান্য নবীর উপর নাযিল করেছেন। তারপর আল্লাহ্ বলেন: "এবং ফুরকান নাযিল করেছেন" অর্থাৎ ঈসা (আ) ও অন্যান্য নবীর ব্যাপারে বিভিন্ন দল ও গোষ্ঠীর মাঝে যে মতভেদ সৃষ্টি হয়েছিল, তার মধ্যে কোন্টি সঠিক তা নির্ধারণ করার জন্য সর্বশেষ কিতাব কুরআন নাযিল করেছেন।
তারপর আল্লাহ্ বলেন: "যারা আল্লাহ্র নিদর্শনকে প্রত্যাখ্যান করে, তাদের জন্য রয়েছে কঠিন শাস্তি। আর আল্লাহ্ মহা পরাক্রমশালী দণ্ডদাতা।" অর্থাৎ আল্লাহ্ আয়াতগুলো নাযিল হওয়ার পর এবং তা জানার পর যারা সেগুলোকে অস্বীকার করেছে, তাদের উপর আল্লাহ্ প্রতিশোধ গ্রহণ করবেন। তারপর আল্লাহ্ বলেন: "আল্লাহ্! আসমান ও যমীনে কিছুই তাঁর কাছে গোপন থাকে না।"
অর্থাৎ খ্রিস্টানরা যে দুরভিসন্ধি পোষণ করে, যে চক্রান্ত আঁটে এবং ঈসা (আ) যে প্রকৃতপক্ষে আল্লাহ্র বান্দা ও রাসূল, তা জানা সত্ত্বেও তাকে যে খোদা ও উপাস্য হিসাবে মানে এবং এসবই তারা শুধুমাত্র আল্লাহ্র প্রতি ঔদ্ধত্য দেখানো ও তাঁকে অমান্য করার জন্যই করে। তাদের এ সকল অপতৎপরতা আল্লাহ্ অবগত আছেন। এরপর আল্লাহ্ বলেন: "তিনি-ই মায়ের গর্ভে যেভাবে ইচ্ছা তোমাদের আকৃতি গঠন করেন।” অর্থাৎ ঈসাও অন্যান্য মানুষের মতই একজন মানুষ। তাঁকে আল্লাহ্ অন্যান্য আদম সন্তানের মত মায়ের পেটে আকৃতি দান করেছেন। কোন মানুষ তা ঠেকাতে পারেনি এবং এ কথা কেউ অস্বীকার করে না। মায়ের পেটেই যার জন্ম, সে কিভাবে খোদা হতে পারে? এরপরই আল্লাহ্ নিজের পবিত্রতা ঘোষণা করেন এবং মুশরিকরা তাঁর সঙ্গে যেসব জিনিসকে শরীক করে, তা থেকে নিজেকে মুক্ত ঘোষণা করে বলেন: "তিনি ব্যতীত কোন ইলাহ্ নেই; তিনি প্রবল পরাক্রমশালী, প্রজ্ঞাময়।” এর অর্থ এই যে, যারা তাঁর সংগে কুফরী করে, তাদের থেকে তিনি যখনই চান প্রতিশোধ গ্রহণে পরাক্রমশালী। আর তিনি মহাজ্ঞানী-এ কথার তাৎপর্য এই যে, তিনি তাঁর বান্দাদের বোঝানোর ব্যাপারে দলীল উপস্থাপনে সূক্ষ্ম কৌশল ও দক্ষতার অধিকারী। এরপর আল্লাহ্ বলেন: "তিনিই আপনার প্রতি এ কিতাব অবতীর্ণ করেছেন, যার কতক আয়াত সুস্পষ্ট, দ্ব্যর্থহীন; এগুলো কিতাবের মূল অংশ আর অন্যগুলো রূপক।" দ্ব্যর্থহীন ও অকাট্য আয়াতগুলোতেই রয়েছে আল্লাহ্ সংক্রান্ত সুস্পষ্ট বিবরণ, যুক্তি, বান্দাদের আখিরাতের মুক্তির পথনির্দেশনা এবং বিরোধী ও বাতিলপন্থীদের যুক্তি খণ্ডনকারী বক্তব্য। এসব আয়াতে কোন ঘোরপ্যাঁচের অবকাশ নেই, এগুলোর সুনির্দিষ্ট মর্মকেও বিকৃত করার কোন সুযোগ নেই। পক্ষান্তরে, অস্পষ্ট ও দ্ব্যর্থবোধক আয়াতগুলোর ব্যাখ্যা-বিশ্লেষণের সুযোগ রয়েছে। এগুলো দিয়ে আল্লাহ্ তাঁর বান্দাদের পরীক্ষা করেন। যেমন হালাল-হারামের বিধান দিয়ে পরীক্ষা করেছেন। এগুলোর অর্থ বাতিলের পক্ষে ও সত্যের বিরুদ্ধে যায় এমন ব্যাখ্যা করা হয় কিনা, সেটাই পরীক্ষার বিষয়। পরবর্তী আয়াতে আল্লাহ্ বলেন: “যাদের অন্তরে সত্য-লংঘন প্রবণতা রয়েছে, শুধু তারাই ফিতনা এবং ভুল বাখ্যার উদ্দেশ্যে যা রূপক তার অনুসরণ করে।" অর্থাৎ যারা গুমরাহীর প্রতি আগ্রহী, তারা তাদের মনগড়া বাতিল ধ্যান-ধারণার পক্ষে দাঁড় করানোর জন্য দ্ব্যর্থবোধক আয়াতগুলোর উদ্দেশ্য প্রণোদিত ব্যাখ্যা দেয়। আল্লাহ্ বলেন: "ফিতনা অনুসন্ধানের জন্য এবং বিকৃত ব্যাখ্যার উদ্দেশ্যেই” (তারা এ দ্ব্যর্থবোধক আয়াতগুলোর অনুসরণ করে)। অর্থাৎ আল্লাহ্ তা'আলা যেসব আয়াতে "আমরা সৃষ্টি করেছি", "আমরা ফায়সালা করেছি" ইত্যাদি বলেছেন, তা দ্বারা বিভ্রান্তি ও গুমরাহী ছড়ানোর উদ্দেশ্যে এ সবের অপব্যাখ্যা করে। আল্লাহ্ বলেন: "আল্লাহ্ ব্যতীত অন্য কেউ এর ব্যাখ্যা জানে না।" অর্থাৎ তারা যেসব আয়াতের অপব্যাখ্যা করে, তার প্রকৃত ব্যাখ্যা শুধু আল্লাহই জানেন। এরপর আল্লাহ্ বলেন: "আর জ্ঞানে যারা সুগভীর, তারা বলে, আমরা এর প্রতি ঈমান এনেছি, সমস্ত-ই আমাদের রবের নিকট থেকে আগত।” অর্থাৎ সকল আয়াতের উৎস যখন আল্লাহ্, তখন একটি অপরটির বিপরীত হয় কি করে? এরপর তারা স্পষ্ট আয়াতের বক্তব্যের আলোকেই অস্পষ্ট আয়াতেরও ব্যাখ্যা করে। ফলে আল্লাহ্ কিতাব সুসমন্বিত ও সুবিন্যস্ত কিতাবে পরিণত হয় এবং তা বাতিলের খণ্ডনকারী ও কুফরী অপনোদনকারী হিসাবে বহাল থাকে। তাই আল্লাহ্ পরবর্তী আয়াতে বলেন: "এবং বোধশক্তিসম্পন্ন ব্যক্তিরা ব্যতীত অপর কেউ শিক্ষা গ্রহণ করে না।"
তারা এ বলে আল্লাহ্র কাছে দু'আ করে: “হে আমাদের রব! সরল পথ দেখানোর পর আমাদের অন্তরকে সত্য-লংঘনপ্রবণ করো না।" অর্থাৎ আমরা আমাদের মতিভ্রমের কারণে গুমরাহীর দিকে ঝুঁকে পড়লেও তুমি আমাদের বিপথগামী করো না। তারা আরো বলে: “(হে আল্লাহ্!) আমাদেরকে তোমার পক্ষ থেকে রহমত দান কর, তুমি-ই মহাদাতা।" এরপর আল্লাহ্ বলেন: "আল্লাহ্ সাক্ষ্য দেন যে, তিনি ব্যতীত অন্য কোন ইলাহ নেই, ফেরেশতাগণ এবং জ্ঞানীগণও; আল্লাহ্ ন্যায়নীতিতে প্রতিষ্ঠিত, তিনি ছাড়া আর কোন ইলাহ নেই, তিনি পরাক্রমশালী, প্রজ্ঞাময়।"
(হে মুহাম্মদ! আপনি যে ধর্মের উপর আছেন সেই) "ইসলাম আল্লাহর নিকট একমাত্র দীন।” অর্থাৎ এক আল্লাহ্র অনুগত্য করা এবং নবীদের সত্য বলে স্বীকার করাই একমাত্র ধর্ম। আল্লাহ্ আরো বলেন: "আর যাদের কিতাব দেওয়া হয়েছিল, তারা পরস্পর বিদ্বেষবশত তাদের নিকট জ্ঞান আসার পর মতানৈক্য ঘাটিয়েছিল। আর কেউ আল্লাহর নিদর্শনকে প্রত্যাখ্যান করলে, আল্লাহ্ হিসাব গ্রহণে অত্যন্ত তৎপর।" যদি তারা আপনার সংগে বিতর্কে লিপ্ত হয়।

এরপর আল্লাহ্ তাওরাত ও ইনজীল উভয় কিতাবের অনুসারী অর্থাৎ ইয়াহুদী ও খ্রিস্টানদের স্ব-উদ্ভাবিত গুমরাহী খণ্ডন করে বলেন: যারা আল্লাহর নিদর্শন প্রত্যাখ্যান করে, অন্যায়ভাবে নবীদের হত্যা করে এবং মানুষের মাঝে যারা ন্যায়পরায়ণতার নির্দেশ দেয় তাদের হত্যা করে, আপনি তাদের মর্মন্তুদ শাস্তির সংবাদ দিন।...... বলুন: হে সার্বভৌম শক্তির মালিক আল্লাহ্! (অর্থাৎ বান্দাদের রব, যাঁর একচ্ছত্র কর্তৃত্ব তাদের উপর রয়েছে); তুমি যাকে ইচ্ছা ক্ষমতা প্রদান কর এবং যার কাছ থেকে ইচ্ছা ক্ষমতা ছিনিয়ে নাও; যাকে ইচ্ছা তুমি পরাক্রমশালী কর, আর যাকে ইচ্ছা তুমি হীন কর। কল্যাণ তোমার হাতে-ই; (অর্থাৎ তুমি ছাড়া আর কোন ইলাহ নেই), তুমি সব বিষয়ে সর্বশক্তিমান, (অর্থাৎ একমাত্র তুমিই স্বীয় সর্বময় ক্ষমতা ও কর্তৃত্বের বলে উপরোক্ত সব কিছু করতে সক্ষম)। "তুমি-ই রাতকে দিনে এবং দিনকে রাতে পরিণত কর; তুমি-ই মৃত থেকে জীবন্তের আবির্ভাব ঘটাও, আবার জীবন্ত হতে মৃতের আবির্ভাব ঘটাও। তুমি যাকে ইচ্ছা অপরিমিত রিযক দান কর।" অর্থাৎ 'এ কাজগুলোও তুমি ছাড়া আর কেউ করতে সক্ষম নয়। বস্তুত এসব বাণীর মধ্য দিয়ে আল্লাহ্ বলতে চাইছেন যে, নবুওয়তের প্রমাণ ও নিদর্শন হিসাবে তুলে ধরার জন্য মৃতকে জীবিত করা, রোগীকে রোগমুক্ত করা, কাদামাটি দিয়ে পাখি বানানো ও অদৃশ্য জগতের সংবাদ জানানোর ক্ষমতা যদিও আমি ঈসাকে দিয়েছি এবং এসব অলৌকিক ক্ষমতার কারণেই তারা ঈসাকে খোদা বা দেবতা মনে করে থাকে, তথাপি তাদের ভেবে দেখা উচিত যে, আমি আমার ক্ষমতা ও কর্তৃত্বের অনেক কিছুই ঈসাকে দেইনি। যেমন আমি কোন বাদশাহকে নবী বানাবার ক্ষমতা দেইনি, অথচ আমি যাকে ইচ্ছা তাকে নবী মনোনীত করি; দিনের শেষে রাত নিয়ে আসা এবং রাতের শেষে দিন নিয়ে আসা, মৃত থেকে জীবন্তের আবির্ভাব ঘটানো এবং জীবন্ত থেকে মৃতের আবির্ভাব ঘটানো, আর নেককার ও বদকারদের যাকে ইচ্ছা অপরিমিত রিস্ক প্রদান, এসব কাজের কোন ক্ষমতা আমি ঈসাকে দেইনি এবং এসবে তার কোন কর্তৃত্বও ছিল না। এ থেকে তারা কি এ শিক্ষা ও উপদেশ পায় না যে, তাদের জানামতে ঈসা-যিনি রাজাদের অত্যাচারের ভয়ে দেশ থেকে দেশান্তরে পালিয়ে বেড়াতেন, তিনি যদি ইলাহ্ বা খোদা হতেন, তাহলে এ সকল গুণ ও ক্ষমতা তাঁর থাকত এবং তাঁকে পালিয়ে বেড়াতে হতনা।

এরপর সূরা আলে-ইমরানে আল্লাহ্ মু'মিনদের উপদেশ দিয়ে ও সতর্ক করে বলেন: “হে নবী! আপনি বলুন : "তোমরা যদি আল্লাহকে ভালোবাস" অর্থাৎ আল্লাহকে ভক্তি করা ও ভালবাসার দাবিতে তোমরা যদি সত্যবাদী হয়ে থাক, "তাহলে তোমরা আমার অনুসরণ কর। আল্লাহ্ তোমাদের ভালবাসবেন এবং তোমাদের গুনাহ্ মাফ করে দেবেন।" অর্থাৎ ইসলাম গ্রহণের আগে শিরক ও কুফরীতে লিপ্ত থাকার গুনাহ্ মাফ করে দেবেন। "আল্লাহ্ অত্যন্ত ক্ষমাশীল, পরম দয়ালু।" বলুন : "তোমরা আল্লাহ্ ও রাসূলের আনুগত্য কর।" কেননা তোমরা তোমাদের কিতাবে লিখিত অবস্থায় তাঁর পরিচয় জানতে পেরেছ। "যদি তারা মুখ ফিরিয়ে নেয়" (অর্থাৎ কুফরী অব্যাহত রাখে) “তবে জেনে রাখুন, আল্লাহ্ কাফিরদের পসন্দ করেন না।"

এরপর নাজরানী প্রতিনিধিদলের সামনে ঈসা (আ)-এর বৃত্তান্ত তুলে ধরা হল এবং তাঁর ব্যাপারে আল্লাহ্র ব্যতিক্রমধর্মী পরিকল্পনার সূচনা কিভাবে হয়েছিল, তা বিবৃত করা হল। আল্লাহ্ বললেন : "আল্লাহ্ আদমকে, নূহকে, ইবরাহীমের বংশধর এবং ইমরানের বংশধরকে বিশ্বজগতে মনোনীত করেছেন। তারা একে অপরের বংশধর। আল্লাহ্ সর্বশ্রোতা ও সর্বজ্ঞ।" এরপর আল্লাহ্ ইমরানের স্ত্রী এবং তাঁর কথার আলোচনা করেছেন। তিনি বলেছেন : "স্মরণ কর, যখন ইমরানের স্ত্রী বলেছিলেন। "হে আমার রব! আমার গর্ভে যা আছে তা একান্ত তোমার জন্য আমি উৎসর্গ করলাম।" অর্থাৎ তাকে আমি আমার সংসারের কোন কাজে খাটাবনা, বরং সার্বক্ষণিকভাবে শুধুমাত্র আল্লাহর ইবাদতে তাকে নিয়োজিত রাখব। সুতরাং তুমি আমার নিকট থেকে তা কবুল কর, তুমি সর্বশ্রোতা, সর্বজ্ঞ।" এরপর যখন সে তাকে প্রসব করল, তখন তিনি বললেন : 'হে আমার রব! আমি কন্যা সন্তান প্রসব করেছি।' সে' যা প্রসব করেছে, আল্লাহ্ তা সম্যক অবগত। 'আর ছেলে তো মেয়ের মত নয়।' অর্থাৎ আমি তাকে একান্তভাবে তোমার জন্য উৎসর্গ করেছি আর ছেলে তো মেয়ের মত নয়। 'আর আমি তার নাম রেখেছি মারইয়াম। এবং অভিশপ্ত শয়তান থেকে তারও তার বংশধরদের জন্য তোমার আশ্রয় চাই।' আল্লাহ্ বলেন : "এরপর তার প্রতিপালক তাকে সাগ্রহে কবুল করলেন, তাকে উত্তমরূপে লালন-পালন করলেন এবং তিনি তাঁকে যাকারিয়ার তত্ত্বাবধানে রাখলেন।” অর্থাৎ মারইয়ামের পিতামাতার মৃত্যুর পর তাঁর তত্ত্বাবধানে রাখলেন।
ইবন হিশাম "তত্ত্বাবধানে রাখার" ব্যাখ্যা করে বলেন যে, এর অর্থ তাকে যাকারিয়ার পরিবারের সাথে যুক্ত করে দিলেন।
ইবন ইসহাক বলেন: এ সূরায় আল্লাহ্ মারইয়ামের ইয়াতীম হয়ে যাওয়ার অবস্থা বর্ণনা করেছেন, তারপর মারইয়াম ও যাকারিয়ার বৃত্তান্ত, যাকারিয়ার দু'আ, আল্লাহ্ কর্তৃক যাকারিয়াকে ইয়াহ্ইয়া নামক সন্তান দান, এরপর মারইয়ামের সংগে ফেরেশতাদের কথাবার্তার প্রসঙ্গ উল্লেখ করেছেন।