ডিম্বাণুর প্রকৃতি দ্বারা নয় বরং শুক্রাণুর প্রকৃতি দ্বারাই ভ্রূণের লিঙ্গ নির্ধারিত হয়ে থাকে। শিশুটি পুরুষ বা স্ত্রী কী হবে তা 'XX' বা 'XY' জাতীয় ২৩ জোড়া ক্রোমোজোমের উপর নির্ভর করে। ডিম্বাণু নিষিক্তকারী শুক্রের লিঙ্গ-ক্রোমোজোমের উপর ভিত্তি করে নিষিক্তকরণের সময়েই প্রাথমিকভাবে লিঙ্গ নির্ধারিত হয়। যদি 'X' বহনকারী শুক্রাণু ডিম্বাণুকে নিষিক্ত করে, তাহলে ভ্রূণ হয় স্ত্রীলিঙ্গ এবং যদি 'Y' বহনকারী শুক্রাণু ডিম্বাণুকে নিষিক্ত করে, তাহলে ভ্রূণ হয় পুংলিঙ্গ।
কুরআন মাজীদে আল্লাহপাক বলেন-
وَأَنَّهُ خَلَقَ الزَّوْجَيْنِ الذَّكَرَ وَالْأُنثَىٰ - مِن نُّطْفَةٍ إِذَا تُمْنَىٰ
"তিনিই সৃষ্টি করেন যুগল পুরুষ ও নারী, এক বিন্দু থেকে, যখন নির্গত হয়।" -সূরা আন্-নাজম্ঃ ৪৫-৪৬
আরবী শব্দ نُطْفَة (নুতফাহ) অর্থ, সামান্য পরিমাণ তরল এবং تُمْنَىٰ (তুমনা) অর্থ স্খলিত বা নির্গত হওয়া। সেহেতু, নুতফাহ দ্বারা শুক্রানুকেই বোঝানো হয় কারণ শুক্রই স্খলিত হয়।
কুরআন মাজীদে আল্লাহপাক আরো বলেন-
أَيَحْسَبُ الْإِنسَانُ أَن يُتْرَكَ سُدًى - أَلَمْ يَكُ نُطْفَةً مِّن مَّنِيٍّ يُمْنَىٰ
"সে কী স্খলিত শুক্র ছিল না? অতঃপর সে ছিল রক্তপিণ্ড, অতঃপর (আল্লাহ) সৃষ্টি করেছেন এবং সুবিন্যস্ত করেছেন। অতঃপর তা থেকে সৃষ্টি করেছেন যুগল, নর ও নারী।" -সূরা আল-ক্বিয়ামাহ : ৩৭-৩৯
এখানে আয়াতে مِّن مَّنِيٍّ يُمْنَىٰ শব্দ দিয়ে ভ্রূণের লিঙ্গ নির্ধারনের জন্য দায়ী পুরুষ থেকে স্খলিত খুবই সামান্য পরিমাণ (এক ফোঁটা) শুক্রকে বুঝানো হয়েছে।
ভারতীয় উপমহাদেশের অধিকাংশ শাশুড়ীরা নাতি আকাঙ্ক্ষা করে এবং যদি নাতনী হয় তাহলে সেজন্য প্রায় পুত্রবধূকে দায়ী করে। যদি তারা জানত যে, নারীর ডিম্বাণু নয় বরং পুরুষের শুক্রের প্রকৃতি লিঙ্গ নির্ধারণ করে! যদি দোষারোপ করতে হয়, তাহলে পুত্রবধূদেরকে দোষারোপ না করে বরং তাদের ছেলেদেরকে দোষারোপ করা উচিত; কারণ কুরআন ও বিজ্ঞান উভয় পুরুষের শুক্রকে শিশুর লিঙ্গ নির্ধারণের জন্য দায়ী হিসেবে উল্লেখ করে!

يَخْلُقُكُمْ فِي بُطُونِ أُمَّهَاتِكُمْ خَلْقًا مِّن بَعْدِ خَلْقٍ فِي ظُلُمَاتٍ ثَلَاثٍ
"তিনি তোমাদেরকে সৃষ্টি করেছেন তোমাদের মাতৃগর্ভে পর্যায়ক্রমে একের পর এক ত্রিবিধ অন্ধকারে।" -সূরা আল-যুমার: ৬
প্রফেসর ড. কেইথ মূরের মতে, কুরআনের এ তিন স্তরের অন্ধকার বলতে বোঝায়-
১) মায়ের গর্ভের সম্মুখের প্রাচীর
২) জরায়ুর প্রাচীর
৩) ভ্রূণের আবরণ অর্থাৎ ভ্রূণকে আবৃতকারী গর্ভফুলের অভ্যন্তরীণ অতি পাতলা পর্দা (অ্যামনিও-কোরিওনিক গর্ভফুল, ভ্রূণের পর্দা বা ঝিল্লি, অ্যামনিওটিক ফ্লুয়িড ইত্যাদি বলা হয়)

"আমি মানুষকে মাটির সারাংশ থেকে সৃষ্টি করেছি। অতঃপর আমি তাকে শুক্রবিন্দু রূপে এক সংরক্ষিত আধারে স্থাপন করেছি। এরপর আমি শুক্রবিন্দুকে জমাট রক্তে পরিণত করেছি, অতঃপর জমাট রক্তকে মাংসপিণ্ডে পরিণত করেছি, এরপর সে মাংসপিণ্ড থেকে অস্থি সৃষ্টি করেছি, অতঃপর অস্থিকে মাংস দ্বারা আবৃত করেছি, অবশেষে তাকে নতুন রূপে দাঁড় করেছি। নিপুনতম সৃষ্টিকর্তা আল্লাহ কত কল্যাণময়।" -সূরা আল-মুমিনুনঃ ১২-১৪
এ আয়াতে আল্লাহ বর্ণনা করেন যে, قَرَارٍ مَّكِينٍ (ক্বারারীম মাকীন) বা দৃঢ়ভাবে অটল এক বিশ্রামের স্থানে সুরক্ষিত অতি সামান্য পরিমাণ তরল পদার্থ থেকে মানুষ সৃষ্টি হয়েছে। পিছনের মাংসপেশীর মাধ্যমে দৃঢ়ভাবে সমর্থিত পশ্চাতবর্তী মেরুদণ্ড স্তম্ভ দ্বারা জরায়ু সুসংরক্ষিত। তাছাড়াও গর্ভফুলের রস ধারণকৃত গর্ভস্থলী দ্বারা ভ্রূণ সুরক্ষিত। সুতরাং ভ্রূণের একটি সুসংরক্ষিত বসবাসের স্থান রয়েছে।
এ অতি সামান্য পরিমাণ তরল পদার্থ বা মাংসপেশীতে পরিণত হয়, তার অর্থ যা আটকে থাকে। এটার অন্য অর্থ হল, জোঁকের মত নির্যাস। উভয় অর্থ বৈজ্ঞানিকভাবে কেননা একেবারে প্রাথমিক পর্যায়ে ভ্রূণ প্রাচীরে আটকে থাকে এবং জোঁকের মতোই দেখায়। তাছাড়া এটি জোঁকের মতোই আচরণ করে এবং মায়ের গর্ভফুলের মধ্য দিয়ে রক্ত সরবরাহ করে।
শব্দের তৃতীয় অর্থ হচ্ছে, রক্তপিণ্ড। গর্ভের তৃতীয় ও চতুর্থ সপ্তাহে রক্তপিণ্ডের স্তরে থাকাবস্থায় রক্তপিণ্ডটি তরল পদার্থবেষ্টিত বন্ধ থলির মাঝে সুতরাং ভ্রূণ একই সময়ে রক্তের আকৃতির পাশাপাশি জোঁকের আকৃতিও ধারণ করে। নির্দ্বিধায় গ্রহণযোগ্য কোরআনের জ্ঞানকে মানুষের বৈজ্ঞানিক তথ্য অর্জনের আপ্রাণ চেষ্টার সাথে তুলনা করুন।
সর্বপ্রথম ১৬৭৭ সালে বিজ্ঞানী হাম এবং লীউওয়েনহৌয়েক অণুবীক্ষণ যন্ত্র দ্বারা মানুষের শুক্র পর্যবেক্ষণ করেন। তাঁরা মনে করে ছিলেন যে, অতি সুক্ষাকৃতির মানুষকে ধারণকারী শুক্রকোষ নবশিশুর জন্ম দিতে জরায়ুতে বিকশিত হয়। এটি 'The Perforation Theory' বা 'ছিদ্রকরণ তত্ত্ব' নামে পরিচিত ছিল। যখন বিজ্ঞানীরা আবিষ্কার করলেন যে, শুক্রাণুর চেয়ে ডিম্বাণু বড়, তখন বিজ্ঞানী ডি গ্রাফসহ অন্যরা ভাবলেন যে, ডিম্বাণুর মধ্যে ক্ষুদ্রাকৃতির ভ্রূণ বিকশিত হয়। পরবর্তীতে ১৮ শতাব্দীতে বিজ্ঞানী মাওপারটুইস 'মাতা-পিতার দ্বৈত উত্তরাধিকার তত্ত্ব' ব্যাপকভাবে প্রচার করেন।
عَلَقَة (আলাক্ব) রূপান্তরিত হয় مُضْغَة (মুদগাহ)- তে এর অর্থ হচ্ছে, যা চিবানো হয় এবং এমন আঁটালো ও ছোট যা গামের মতো মুখে দেয়া যেতে পারে। (১) এ উভয় ব্যাখ্যাই বৈজ্ঞানিকভাবে সঠিক বলে ধরা হয়।
প্রফেসর ড. কেইথ মূর একটি প্লাস্টার সিল নিয়ে এটিকে ভ্রূণের প্রাথমিক স্তরের আকৃতির মতো তৈরি করে দাঁতে চিবিয়ে মুদগায় পরিণত করতে চেষ্টা করেন। তিনি এ প্রক্রিয়াকে ভ্রূণের প্রাথমিক স্তরের চিত্রের সাথে তুলনা করে দেখেন। দাঁত দিয়ে চিবানোর চিহ্নগুলো মেরুদণ্ড স্তম্ভের প্রাথমিক গঠন 'somites'-এর মতো দেখায়। এ مُضْغَة (মুদগাহ) عِظَام (ঈযাম) বা হাড়ে পরিণত হয়। হাড়গুলোকে মাংস বা মাংসপেশী لَحْم (লাহম) পরানো হয়। তারপর আল্লাহ অন্য সৃষ্টিতে পরিণত করেন।
খ্যাতনামা মার্কিনবিজ্ঞানী অধ্যাপক মার্শাল জনসন এবং জীবদেহের গঠনসংক্রান্ত বিজ্ঞান (Anatomy) বিভাগের প্রধান এবং আমেরিকার ফিলাডেলফিয়ার থমসন জেফারসান বিশ্ববিদ্যালয়ের অধীন দানিয়েল ইনস্টিটিউটের সম্মানিত পরিচালক। তাঁকে ভ্রূণতত্ত্ব সম্পর্কিত কুরআনের এই আয়াতগুলোর উপর মন্তব্য করতে অনুরোধ করা হলে। তিনি বলেন, ভ্রূণতাত্ত্বিক পর্যায়গুলো সম্পর্কে কুরআনের আয়াতগুলো সমকালীন কোন মত হতে পারে না। তিনি আরও বলেন, সম্ভবত মুহাম্মদ সাল্লাল্লাহু আলাইহি ওয়াসাল্লাম- এর কাছে একটি শক্তিশালী অণুবীক্ষণ যন্ত্র ছিল। ১৪০০ বছর পূর্বে কুরআন নাযিল হয় এবং মুহাম্মাদ সাল্লাল্লাহু আলাইহি ওয়াসাল্লাম-এর কয়েক শতাব্দী পরে অণুবীক্ষণ যন্ত্র আবিষ্কৃত হওয়ার কথা তাঁকে স্মরণ করিয়ে দিলে, তিনি হাসেন এবং স্বীকার করেন যে, প্রথমাবস্থায় আবিষ্কৃত অণুবীক্ষণ যন্ত্র দ্বারা কোন ক্ষুদ্র জিনিসকে ১০ গুণের বেশি বড় করে দেখা সম্ভব হত না এবং পরিষ্কার ছবিও দেখতে পারত না। তারপর তিনি বলেন, "মুহাম্মাদ সা. যখন কুরআন পাঠ করেন, তখন তাঁর সাথে আসমানী সম্পৃক্ততার ব্যাপারে আমি কোন বিরোধ দেখি না।"
ডা. কেইথ মূরের মতে, সারাবিশ্বজুড়ে গৃহীত ভ্রূণসংক্রান্ত উন্নয়ন স্তরের আধুনিক শ্রেণীবিভাগ সহজেই বোধগম্য নয়, কারণ এটি স্তরগুলোকে সংখ্যাগতভাবে চিহ্নিত করে, যেমন, ১ম স্তর, ২য় স্তর ইত্যাদি। অন্যদিকে যে স্তরগুলো ভ্রূণ অতিক্রম করে তার শ্রেণীবিভাগ কুরআনের বর্ণনানুসারে পার্থক্যসূচক এবং সহজেই এগুলোর আকার-আকৃতি চিহ্নিত করা সম্ভব। এগুলো জন্মপূর্ব বিকাশের বিভিন্ন পর্যায়ের উপর নির্ভরশীল এবং সহজে বোধগম্য ও বাস্তবধর্মী কৌশলী বৈজ্ঞানিক বর্ণনা ধারণকারী।
নিম্নে বর্ণিত আয়াতগুলোতেও মানুষের ভ্রূণতাত্ত্বিক উন্নয়নের স্তরগুলো বর্ণিত হয়েছেঃ "সে কী স্খলিত শুক্র ছিল না? অতঃপর সে ছিল রক্তপিণ্ড, অতঃপর (আল্লাহ) সৃষ্টি করেছেন এবং সুবিন্যস্ত করেছেন। অতঃপর তা থেকে সৃষ্টি করেছেন যুগল নর ও নারী।" (আল-ক্বিয়ামাহ : ৩৭-৩৯) "যিনি তোমাকে সৃষ্টি করেছেন, অতঃপর তোমাকে সুবিন্যস্ত করেছেন এবং তোমাকে ভারসাম্যপূর্ণ করেছেন। তিনি তোমাকে তাঁর ইচ্ছামত আকৃতিতে গঠন করেছেন।" -আল-ইনফিতারঃ ৭-৮

مُضْغَة (মুদগাহ) এর পর্যায়ে ভ্রূণকে এবং এর অভ্যন্তরীণ কোন অঙ্গকে পর্যবেক্ষণ করলে দেখা যায় যে এর অধিকাংশই গঠিত হয়েছে, কিন্তু অন্যান্য কিছু অংশ সম্পূর্ণরূপে গঠিত হয়নি।
প্রফেসর জনসনের মতে, আমরা ভ্রূণকে পূর্ণ সৃষ্টি হিসেবে বর্ণনাকালে আমরা কেবলমাত্র সৃজিত অংশেরই বর্ণনা করি। আমার যদি ভ্রূণকে অপূর্ণ সৃষ্টি হিসেবে বর্ণনা করি, তখন কেবল অপূর্ণ অংশেরই বর্ণনা করি। তাহলে, ভ্রূণ কী পূর্ণ সৃষ্টি না অপূর্ণ সৃষ্টি? নিম্নে বর্ণিত আয়াতে ভ্রূণের উৎপত্তির এই স্তর সম্পর্কে কুরআনের আয়াত "আংশিকভাবে গঠিত এবং আংশিকভাবে গঠিত হয়নি" অপেক্ষা কোন উত্তম বর্ণনা নেইঃ
"আমি তোমাদেরকে মাটি থেকে সৃষ্টি করেছি। এরপর রক্তপিণ্ড থেকে, এরপর পূর্ণাকৃতি বিশিষ্ট ও অপূর্ণাকৃতি বিশিষ্ট মাংসপিণ্ড থেকে, তোমাদের কাছে ব্যক্ত করার জন্য।" -সূরা হাজ্বঃ ৫
বৈজ্ঞানিকভাবে জানা যায় যে, বিকাশের প্রাথমিক ধাপে পার্থক্যসূচক কিছু কোষ এবং অপার্থক্যসূচক কিছু কোষ রয়েছে-অর্থাৎ কিছু অঙ্গ গঠিত এবং কিছু অঙ্গ তখনও অগঠিত।
কর্ণ ও চক্ষুঃ ক্রমান্বয়ে বিকাশমান মানব ভ্রূণের মধ্যে প্রথমে শ্রবণশক্তির অনুভূতি আসে। ২৪ সপ্তাহ পরে ভ্রূণ শব্দ শুনতে পায়। পরবর্তীতে দৃষ্টিশক্তির অনুভূতি সৃষ্টি হয় এবং ২৮ সপ্তাহ পরে রেটিনা আলোর প্রতি সংবেদনশীল হয়। ভ্রূণে ইন্দ্রিয়ের বিকাশ সম্পর্কিত কুরআনের আয়াতটিতে দেখা যায়ঃ
وَجَعَلَ لَكُمُ السَّمْعَ وَالْأَبْصَارَ وَالْأَفْئِدَةَ
"এবং তোমাদেরকে দেন কর্ণ, চক্ষু ও অন্তঃকরণ।” -সাজদাহঃ ৯
"আমি মানুষকে সৃষ্টি করেছি। সংমিশ্রিত শুক্রবিন্দু থেকে তাকে পরীক্ষা করার জন্য, এজন্য তাকে করেছি শ্রবণশক্তি ও দৃষ্টিশক্তির অধিকারী।" -আদ-দাহরঃ ২
"তিনি সৃষ্টি করেছেন তোমাদের; কান, চোখ ও অন্তঃকরণ, তোমরা খুবই অল্প কৃতজ্ঞতা স্বীকার করে থাক।” -আল-মুমিনূন : ৭৮
উপরোক্ত আয়াতসমূহে চোখের আগে কানের কথা উল্লেখ করা হয়েছে। সুতরাং আধুনিক ভ্রূণবিজ্ঞানের আবিষ্কারের সাথে কুরআনের বর্ণনা সম্পূর্ণরূপে মিলে যায়।